Το 1858 ο Λίνκολν έβαλε υποψηφιότητα για γερουσιαστής, αλλά τη θέση κέρδισε ο Στίβεν Ντάγκλας, ηγέτης του δημοκρατικού κόμματος. Ωστόσο κατά την προεκλογική εκστρατεία είχε μια μνημειώδη ρητορική αντιπαράθεση για το ζήτημα της δουλείας με τον Ντάγκλας, όπου οι απόψεις του Λίνκολν εναντίον της δουλείας έγιναν ευρέως γνωστές κι η απλότητά του και η εντυπωσιακή κατανοητή ρητορεία του τον έκαναν να κερδίσει την εμπιστοσύνη όλων εκείνων που επιθυμούσαν την κατάργηση της δουλείας και να γίνουν ουσιαστικές βελτιώσεις στη δημόσια διοίκηση και την κοινωνική ζωή.
Με πύρινους λόγους κατά της δουλείας κατάφερε να προσελκύσει την προσοχή του κόσμου και να αναδειχθεί σε μια από τις σημαντικότερες προσωπικότητες της εποχής.
Η διατήρηση της δουλείας στις Ηνωμένες Πολιτείες εξέγειρε τις μορφωμένες τάξεις των πολιτών, οι οποίοι είχαν χριστιανικές αρχές και ανθρωπιστικά αισθήματα. Επακολούθησαν θορυβώδεις εκδηλώσεις υπέρ της κατάργησης του θεσμού αυτού που στιγμάτιζε τον πολιτισμό. Ονομαστοί συγγραφείς άρχισαν να περιγράφουν με τα μελανότερα χρώματα την οικτρή θέση των μαύρων και εταιρείες που ασκούσαν ευρύτατη πολιτική και κοινωνική επιρροή, συστήθηκαν για να προπαγανδίσουν την κατάργηση του βάρβαρου θεσμού.
Στην κίνηση αυτή αντιστέκονταν πεισματικά οι Νότιοι, οι οποίοι ήταν υπέρ της διατήρησης της δουλείας, και απειλούσαν ότι θα χωριστούν από τους Βόρειους.
Έπειτα από δύο χρόνια, το 1860, το συνέδριο του ρεπουμπλικανικού κόμματος στο Σικάγο όρισε τον Λίνκολν υποψήφιό του, κυρίως για λόγους τακτικής, καθώς η επιρροή του ήταν περιορισμένη.
Ήταν όμως ταπεινής καταγωγής, απλός, προικισμένος με ρητορική δεινότητα, προερχόταν από τη Δύση, γεγονός που σήμαινε ότι θα συγκέντρωνε τις ψήφους αυτού του τμήματος της χώρας καθώς και των Βορείων, ενώ ο δημοκρατικός υποψήφιος θα συγκέντρωνε τις ψήφους των Νοτίων. Επίσης ο Λίνκολν δεν ήταν ακραίος. Στο μετριοπαθές πρόγραμμά του, που στηριζόταν στο πνεύμα συμφιλίωσης, πρότεινε να μη τεθεί σε ισχύ το καθεστώς της δουλείας, εκεί όπου μέχρι τότε δεν ίσχυε, συγχρόνως όμως δεν ζητούσε την κατάργησή του στις περιοχές όπου ίσχυε. Υποσχόταν τη δωρεάν παροχή τμήματος της γης σε κάθε άποικο, καθώς και τη βελτίωση της εσωτερικής πολιτικής.
Επιπρόσθετα, τα γεγονός ότι ήταν νέος αποτελούσε θετικό στοιχείο για τον ίδιο, κυρίως σε σύγκριση με τον άλλο υποψήφιο των Ρεπουμπλικάνων, Σιούαρντ, η μακρόχρονη πολιτική του οποίου τον καθιστούσε ευάλωτο στην κριτική. Από την άλλη πλευρά, οι Δημοκρατικοί διασπάστηκαν, και αυτό (αν και όχι αποφασιστικό) ευνόησε τον Λίνκολν, ο οποίος εξελέγη με απόλυτη πλειοψηφία, 16ος πρόεδρος των Ηνωμένων Πολιτειών, παρόλο που δεν πήρε ούτε μια ψήφο από τις Νότιες Πολιτείες.
Η νίκη του Λίνκολν, παρά τις συμφιλιωτικές του προθέσεις, σήμανε την αρχή της κρίσης αμέσως μόλις έγιναν γνωστά τα αποτελέσματα των εκλογών. Μετά την εκλογή του στο προεδρικό αξίωμα και πριν ακόμα την ορκωμοσία του, στις 20 Δεκεμβρίου 1860, η Πολιτεία της Νότιας Καρολίναςδήλωσε ότι αποχωρεί από την Ένωση των Πολιτειών προβάλλοντας ως αιτία το ζήτημα της δουλείας.
Για να αποτραπούν παρόμοιες ενέργειες και από άλλες Νότιες Πολιτείες υπεβλήθηκαν στο Κογκρέσο διάφορες συμβιβαστικές προτάσεις, όπως να διατηρηθεί η δουλεία στις Πολιτείες όπου προϋπήρχε, αλλά να μην επιτραπεί η επέκτασή της σε άλλες ή να διαχωριστούν οι περιοχές σε δουλοκτητικές και σε μη δουλοκτητικές. Ο Λίνκολν διαφώνησε κυρίως με τον διαχωρισμό των Πολιτειών. Σε μήνυμα προς τον αμερικανικό λαό, τον Μάρτιο του 1861, διακήρυξε ότι προσωρινά η δουλεία θα συνεχιζόταν αλλά δεν θα επεκτεινόταν.
Οι νότιες Πολιτείες όμως είχαν ήδη αποφασίσει για τις επόμενες κινήσεις τους. Ενώ το Κογκρέσο προσπαθούσε να βρει λύση, οι Πολιτείες Μισισίπι, Φλόριντα, Αλαμπάμα, Τζόρτζια, Λουιζιάνα και Τέξας αποσχίστηκαν από την Ένωση και συγκρότησαν τις Συνομόσπονδες Πολιτείες της Αμερικής, μια χωριστή ομοσπονδία με νέο Σύνταγμα, με πρωτεύουσα το Ρίτσμοντ της Βιρτζίνια και πρόεδρο τον Τζέφερσον Ντέιβις, που εκλέχθηκε τον Φεβρουάριο του 1861.