Ο Όσιος Παϊσιος, «ως γνήσιο τέκνο της Εκκλησίας, με ορθόδοξη ευαισθησία και αγιοπατερική ακρίβεια», θεωρούσε ότι ο μεγαλύτερος κίνδυνος για τους Ορθόδοξους Έλληνες ήταν η πνευματική υποδούλωσή τους. Ανησυχούσε πολύ βλέποντας την όλο και μεγαλύτερη επίδραση του κοσμικού δυτικοευρωπαϊκού πνεύματος ακόμη και σε πνευματικούς ανθρώπους. Πονούσε για τις διάφορες οικουμενιστικές κινήσεις, για τις οποίες έλεγε ότι είναι «κουρελούδες του διαβόλου». Και με πόνο προσευχόταν να φωτίσει ο Θεός τους εκκλησιαστικούς άρχοντες, ώστε να μη θαμπώνονται από το ψεύτικο φως της Δύσεως, αλλά να βλέπουν καθαρά, με πνευματική διαύγεια, για να μην πέφτουν στην μεγάλη αυτή παγίδα του διαβόλου.
Έγραψε σε επιστολή του: «Δυστυχώς ο Δυτικός Ορθολογισμός έχει επιδράσει και σε Ανατολικούς Ορθόδοξους Άρχοντας, και έτσι βρίσκονται σωματικά μόνον στην Ανατολική Ορθόδοξη Εκκλησία του Χριστού, ενώ όλο το είναι τους βρίσκεται στην Δύση που την βλέπουν να βασιλεύει κοσμικά. Εάν έβλεπαν την Δύση πνευματικά, με το φως της Ανατολής, το φως του Χριστού, τότε θα έβλεπαν το πνευματικό ηλιοβασίλεμα της Δύσης που χάνει σιγά-σιγά το φως του νοητού Ήλιου, του Χριστού, και προχωρούν για το βαθύ σκοτάδι. Μαζεύονται και συνεδριάζουν, και γίνονται συζητήσεις ατελείωτες για πράγματα που δεν χωράει συζήτηση, που ούτε οι Άγιοι Πατέρες συζητήσανε εδώ και 2.000 χρόνια.
Όλες αυτές οι ενέργειες είναι του πονηρού, για να ζαλίζουν και να σκανδαλίζουν τους πιστούς, και να τους σπρώχνουν, άλλους στην αίρεση και άλλους σε σχίσματα, και να κερδίζει έτσι έδαφος ο διάβολος».
Σε πολλούς που ανησυχούσαν για το μέλλον της Ελλάδος είχε πει με βεβαιότητα: «Μη στεναχωριέστε η Ελλάδα δεν πρόκειται να χαθεί… Και τώρα θα υπάρχει αναμπουμπούλα, γιατί ο διάβολος οργώνει. Αλλά μην ανησυχείτε· τελικά θα σπείρει και θα θερίσει ο Χριστός. Ο Καλός Θεός δεν επιτρέπει να γίνει κάτι κακό, αν μετά από αυτό δεν πρόκειται να βγει κάτι καλύτερο. Θα περάσουμε γερό τράνταγμα, αλλά θα επακολουθήσει η δόξα της Ελλάδος και η λάμψη της Ορθοδοξίας».