5η Φεβρουαρίου του έτους 251.Οι χριστιανοί της πόλεως έσπευσαν στην φυλακή και παρέλαβαν το ιερό σκήνωμα της Αγίας για να το ενταφιάσουν.
Όταν τοποθετούσαν το λείψανο στην προετοιμασμένη σαρκοφάγο, εμφανίστηκε ένας λαμπροφορεμένος νέος συνοδευόμενος από εκατό παιδιά, όλοι τους άγνωστοι στην πόλη της Κατάνης. Ο νέος κρατούσε μια μαρμάρινη πλάκα την οποία τοποθέτησε επάνω στον τάφο της Αγίας και η οποία έγραφε στα λατινικά τα εξής λόγια: «Mentem sanctam, spontaneam, honorem Deo et patriae liberationem» δηλαδή : «Νους όσιος, αυτοπροαίρετος, τιμή εις Θεόν και πατρίδος λύτρωσις».
Αυτό σημαίνει ότι η Αγία διέθετε νού όσιο, ενάρετο, αποχωρισμένο από την σαρκικότητα, που με ιδία της προαίρεση προχώρησε στο μαρτύριο∙ η θυσία της αποτέλεσε αναφορά τιμής στον αληθινό Θεό και σήμανε την λύτρωση της πατρίδος της από τον ζόφο της ειδωλολατρίας….
Τότε όλοι κατάλαβαν ότι επρόκειτο για τον Φύλακα Άγγελο της Αγίας και απέδωσαν δόξα και αίνο στον Θεό.Αμετανόητος ο Κουϊντιανός προσπάθησε να οικειοποιηθεί την περιουσία της Αγίας∙ όμως τον πρόλαβε φρικτός θάνατος γιατί τα άλογά του αφηνίασαν και έπεσε η καρότσα στην οποία επέβαινε στα ορμητικά ύδατα του ποταμού της πόλεως…
Κατά την πρώτη επέτειο του μαρτυρίου της Αγίας, εξερράγη η Αίτνα και απειλούσε την Κατάνη με ολοσχερή καταστροφή. Τότε οι ειδωλολάτρες μαζί με τους χριστιανούς έσπευσαν στον τάφο της Αγίας και αφού αφαίρεσαν το μεταξένιο πέπλο που κάλυπτε το σκήνωμά της, το’βαλαν μπροστά στον ποταμό της λάβας. 
Το θαύμα ήταν μεγάλο : η λάβα σταμάτησε και το πέπλο παρέμεινε άθικτο. Το ίδιο θαύμα επαναλήφθηκε πολλές φορές και έκτοτε θεωρείται πολιούχος και προστάτης της Κατάνης η Αγία Αγάθη.
Η πέτρινη σαρκοφάγος στην οποία ενταφιάστηκε το σκήνωμα της Αγίας σώζεται μέχρι τις ημέρες μας στην ίδια κρύπτη επάνω από την οποία ανηγέρθη ο Ιερός Ναός της «Santa Agata la Vetere».
Το τίμιο λείψανο της Αγίας, άφθαρτο και ευωδιάζον, παρέμεινε στην κρύπτη μέχρι την άνοιξη του 1040, ενώ το 593 μόνο ένα μικρό του μέρος μεταφέρθηκε στην Ρώμη κατ’εντολή του Πάπα Ρώμης,Αγίου Γρηγορίου του Διαλόγου, στον Ιερό Ναό «Santa Agata dei Gotti». Από το ίδιο τεμάχιο, το έτος 597 ο ίδιος Άγιος δώρισε ένα κομμάτι στην Ιερά Μονή Αγίου Στεφάνου στο Κάπρι. Έτερο τεμάχιο εστάλη στην Βασιλεύουσα κατά τα τέλη του 10ου αιώνα επί βασιλείας των Αυτοκρατόρων Βασιλείου Β’ και του αδελφού του Κωνσταντίνου του Η’. 
Όταν κατά το 1040 οι Σαρακηνοί εξεστράτευσαν εναντίον της Σικελίας, οι Βυζαντινοί έσπευσαν να βοηθήσουν στον αγώνα. Στις μάχες διέπρεψε ο στρατηγός Γεώργιος Μανιάκης ο οποίος όμως ήρθε σε σύγκρουση με τον αρχηγό του στόλου Στέφανο που ήταν συγγενής του Αυτοκράτορος Ιωάννου Β’ του Κομνηνού. Ως είναι επόμενο ο Μανιάκης έχασε την βασιλική εύνοια και εκλήθη στην Πόλη να απολογηθεί. 
Εκείνος σκέφθηκε ότι για να ανακτήσει την εύνοια του αυτοκράτορα θα έπρεπε να μεταφέρει στην Βασιλεύουσα τους δύο θησαυρούς της περιφέρειας, δηλαδή τα άφθαρτα σκηνώματα των Αγίων Μεγαλομαρτύρων Αγάθης της Κατάνης και Λουκίας των Συρακουσών.Έτσι το λείψανο της Αγίας αποθησαυρίστηκε στον ομώνυμο Ναό της στο Τρίκογχο μέχρι το καλοκαίρι του 1126 όταν ο Γάλλος αξιωματικός της αυτοκρατορικής φρουράς Gisliberto μαζί με τον Καλαβρό φίλο του Goselmo έκλεψαν το λείψανο της Αγίας κατόπιν εντολής που έλαβε από την Αγία καθ’ύπνους ο πρώτος και του ζητούσε να επιστρέψει το λείψανο στην Κατάνη.
Το εσωτερικό της κρύπτης
Ταξίδευσαν δια Σμύρνης, Κορίνθου, Τάραντα και στάθμευσαν στην επαρχία του Lecce, στην πόλη Galatina, όπου δώρισαν τον ένα μαστό της Αγίας στον ναό της Αγίας Αικατερίνας, όπου φυλάσσεται μέχρι σήμερα. 
Στην συνέχεια έφθασαν στην Μεσσίνα απ’όπου ειδοποίησαν τον Επίσκοπο της Κατάνης Maurizio να υποδεχθεί το άγιο λείψανο.Έτσι στις 17 Αυγούστου του 1126 ο Επίσκοπος Maurizio ξεκίνησε πομπή με τον κλήρο και τον λαό ανυπόδητος για να υποδεχθούν την Αγία περπατώντας προς το Acicastello. Ταυτόχρονα άλλη πομπή από το Acicastello με επικεφαλής δύο μοναχούς αντιπροσώπους του Επισκόπου όπου πήγαν για να επαληθεύσουν την χαρμόσυνη είδηση, τους δύο αξιωματούχους και πλήθος λαού, ξεκινούσαν με κατεύθυνση την Κατάνη. Οι δύο πομπές συναντήθηκαν στο ψαροχώρι Ognina και ψάλλοντας συνέχισαν ως τον Καθεδρικό Ναό της Κατάνης όπου εναπέθεσαν το λείψανο.Το μεγάλο θαύμα θεραπείας μιας τυφλής και παράλυτης γυναίκας επισφράγισε την ευαρέσκεια της Αγίας για την σωματική της επιστροφή στον χώρο που μαρτύρησε…