Μυστήριο θεωρείται ότι το λείψανό του Αγίου Νεκταρίου παρά τις 3 ταφές και εκταφές παρέμεινε αναλλοίωτο για περισσότερο από 30 χρόνια.
Ο Άγιος Νεκτάριος εκοιμήθη στις 9 Νοεμβρίου του 1920.
Το σώμα του παρέμεινε άφθαρτο για 21 ολόκληρα χρόνια. Η ανακομιδή των λειψάνων του έγινε στις 3 Σεπτεμβρίου του 1963. Αυτές είναι και οι δύο ημερομηνίες εορτασμού της μονής: στις 9 Νοεμβρίου (κοίμηση Αγίου Νεκταρίου) και στις 3 Σεπτεμβρίου (ανακομιδή Ι. Λειψάνων).
Μετά την Κοίμησή του ετάφη εκεί, κάτω από την σκιά ενός πεύκου που είχε φυτέψει ο ίδιος και που υπάρχει μέχρι σήμερα. Εκατοντάδες πιστοί επισκέπτονται το μοναστήρι καθημερινά και ακουμπούν το κεφάλι τους στον τάφο του αγίου, για να προσευχηθούν, αλλά και να ακούσουν τον χτύπο της ράβδου του.
Η παράδοση θέλει τον άγιο να μετακινεί ή να χτυπά την Ράβδο του μέσα από τον τάφο, για να φανερώσει την Αλήθεια, την ζωντανή παρουσία του. Το φαινόμενο αυτό παρατηρείται από αρκετούς πιστούς, οι οποίοι έχουν καταγράψει και σχετικά θαύματα που τους έχουν συμβεί.