Υπάρχει μια πύλη στο Φανάρι που από τις 10 Απριλίου 1821 είναι κλειστή. Είναι η πύλη όπου οι Οθωμανοί την Κυριακή του Πάσχα μετά τη Θεία Λειτουργία, συνέλαβαν και δολοφόνησαν τον Άγιο Γρηγόριο Ε’, Οικουμενικό Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως.
Απρίλιος του 1821 και η Ελληνική Επανάσταση έχει ξεσπάσει φέρνοντας αναταραχή στην Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Ο Σουλτάνος, υπό την πίεση ακραίων μουσουλμανικών διαδηλώσεων κατά των Ελλήνων, ζήτησε από τον Σεϊχουλισλάμη Χατζή Χαλίλ να εκδώσει διαταγή (φετφά), σχετικά με τη γενική σφαγή των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης.
Ο Χατζή Χαλίλ, ύστερα από διαβουλεύσεις με τον Γρηγόριο, ο οποίος του ξεκαθάρισε πως ο ίδιος και το Γένος ήταν αμέτοχοι στην επανάσταση, και βασιζόμενος σε ένα εδάφιο του Κορανίου, αρνήθηκε να εκδώσει τη φετφά τoυ Σουλτάνου, ο οποίος εξοργισμένος τον τιμώρησε με θάνατο και θεώρησε υπεύθυνο και τον Γρηγόριο Ε’.
Σύμφωνα με τον πανηγυρικό που εκφώνησε για τον Πατριάρχη το 1853 ο Γεώργιος Τερτσέτης, όπως αυτός μεταφέρεται από τον ανιψιό του Πατριάρχη, ο Γρηγόριος Ε’ απέρριψε προτάσεις υπαλλήλων ξένων πρεσβειών να εγκαταλείψει την Κωνσταντινούπολη λέγοντας:
“Μη με προτρέπετε εις φυγήν, μάχαιρα θα διέλθη τας ρύμας της Κωνσταντινουπόλεως και των λοιπών πόλεων των χριστιανικών επαρχιών. Υμείς επιθυμείτε, εγώ μετημφιεσμένος να καταφύγω…ουχί! Εγώ δια τούτω είμαι πατριάρχης, όπως σώσω το έθνος μου…ο θάνατός μου ίσως επιφέρει μεγαλυτέραν οφέλειαν από την ζωή μου…Ναι, ας μη γίνω χλεύασμα των ζώντων. Δε θα ανεχτώ ώστε εις τα οδούς της Οδησσού, της Κέρκυρας και της Αγκώνος, διερχόμενον εν μέσω των αγύιων, να με δακτυλοδεικτούσι λέγοντες, Ιδού έρχεται ο φονεύς πατριάρχης”
Mετά τη λειτουργία του Πάσχα (10 Απριλίου 1821) ο Γρηγόριος συνελήφθη, κηρύχθηκε έκπτωτος και φυλακίστηκε. Το απόγευμα της ίδιας μέρας απαγχονίστηκε στην κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου παρέμεινε κρεμασμένος για τρεις ημέρες, εξευτελιζόμενος από τον όχλο.
Κατόπιν, μια ομάδα τριών Εβραίων αγόρασαν το πτώμα του, το περιέφεραν στους δρόμους και το έριξαν στον Κεράτιο κόλπο. Τα ονόματα των τριών αυτών Εβραίων ήταν Μουτάλ, Μπιταχί και Λεβύ. Τη σκηνή της περιφοράς του σκηνώματος από τους τρεις Εβραίους έχει αποδώσει παραστατικά σε πίνακά του ο Γερμανός ζωγράφος Πέτερ φον Ες. Ένας Κεφαλονίτης πλοίαρχος, ονόματι Νικόλαος Σκλάβος, βρήκε το σκήνωμα και το μετέφερε στην Οδησσό, όπου και ετάφη στον ελληνικό ναό της Αγίας Τριάδος. Από εκεί ανακομίστηκε στην Αθήνα, 50 χρόνια μετά, και έκτοτε φυλάσσεται σε μαρμάρινη λάρνακα στο Μητροπολιτικό Ναό Αθηνών.
Η κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου απαγχονίστηκε ο Γρηγόριος Ε΄, παραμένει κλειστή και σφραγισμένη μέχρι και σήμερα, σε ένδειξη τιμής. Στο Πατριαρχείο εισέρχεται κανείς έκτοτε μόνο από τις πλάγιες πύλες.
Το 1871 τα οστά του Γρηγορίου μεταφέρθηκαν από την Οδησσό στην Αθήνα και εναποτέθηκαν σε μαρμάρινη λάρνακα που βρίσκεται μέχρι και σήμερα στη Μητρόπολη Αθηνών. Στην οπίσθια όψη της λάρνακας υπάρχει η επιγραφή:
ΗΔΕ ΚΕΧΑΝΔΕ ΝΕΚΥΝ ΠΑΤΡΙΑΡΧΟΥ ΓΡΗΓΟΡΙΟΙΟ
ΛΑΡΝΑΞ, ΟΝ Τ ΑΣΕΒΕΙΣ ΧΕΙΡΕΣ ΑΠΗΓΧΟΝΙΣΑΝ
ΒΟΣΠΟΡΙΟΝ Τ ΕΙΣ ΟΙΔΜΑ ΒΑΛΟΝ, ΚΕΙΘΕΝ Δ ΟΜΟΦΥΛΩΝ
ΝΗΥΣ ΚΟΜΙΣ ΕΙΣ ΑΚΤΑΣ ΤΗΛΕ ΒΟΡΥΣΘΕΝΙΔΑΣ.
ΝΥΝ Δ ΑΥΤ ΕΚ ΠΟΝΤΟΥ ΧΘΟΝ ΕΣ ΕΛΛΑΔΑ ΒΟΥΛΗΙ ΑΝΑΧΘΕΙΣ
ΕΛΛΗΝΩΝ, ΛΑΩΙ ΚΕΙΤΑΙ ΑΠΑΝΤΙ ΣΕΒΑΣ.
Τον επόμενο χρόνο, το 1872, με δαπάνη του Γεωργίου Αβέρωφ, ο γλύπτης Γεράσιμος Φυτάλης φιλοτέχνησε αδριάντα του, ο οποίος τοποθετήθηκε δεξιά της εισόδου του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Η συμπερίληψη του Πατριάρχη στο πάνθεον των ηρώων της Επανάστασης συνδεόταν με την ταύτιση Ελληνισμού και Ορθοδοξίας, το αίτημα για εθνική ενότητα και την αλυτρωτική διάθεση της εποχής. Στις 8 Απριλίου 1921 αγιοκατατάχθηκε επίσημα από την Εκκλησία της Ελλάδος.