Φέρει την ονομασία από τον ιδρυτή της Όσιο Παύλο τον Ξηροποταμίτη. Ενδιαφέρον παρουσιάζει η άποψη του Μοναχού Δωροθέου, όπως την παρουσιάζει στο βιβλίο του «ΤΟ ΑΓΙΟ ΟΡΟΣ Μύηση στην Ιστορία του και τη Ζωή του, εκδ. ΤΕΡΤΙΟΣ, Κατερίνη 1986».
Οι ονομασίες με τις οποίες η Μονή γίνεται γνωστή είναι: του Ξηροποτάμου, του Ξηροποταμίου, των Αγίων Τεσσαράκοντα, του Αγίου Νικηφόρου, του Μοτζιχιάκου, του Χειμάρρου, της Αγίας Σταυρώσεως, του Χλωροποτάμου.
Η ίδρυσή της συνδέεται μ’ ένα πρόσωπο αμφιλεγόμενο: τον Όσιο Παύλο τον Ξηροποταμίτη. Η παράδοση ταυτίζει τον Παύλο με τον γιό του αυτοκράτορα Μιχαήλ Α΄ Ραγκαβέ (811-818). Όμως αυτό αποκλείεται τελείως, αφού ο Παύλος, πρόσωπο αξιοσέβαστο, αναφέρεται συχνά σε κείμενα μεταγενέστερα, ενάμισυ και δύο αιώνες μετά. Εξ άλλου είναι γνωστοί οι δύο γιοί του Μιχαήλ, ο Θεοφύλακτος και ο Νικήτας, που εκάρησαν μοναχοί, μετωνομασθέντες σε Ευστράτιος και Ιγνάτιος αντίστοιχα.
Υπήρξαν δύο Παύλοι, σύγχρονοι του Αγίου Αθανασίου του Αθωνίτη. Ο α΄ Παύλος «απλούστατος ων ως τα πολλά και ζήλον πνευματικόν έχων» ήταν αντίθετος με την ίδρυση της Μεγίστης Λαύρας. Αποκορύφωμα της αγανάκτησής του ήταν να μεταβεί στην Κωνσταντινούπολη μαζί με τον Πρώτο, για να παραπονεθούν στον αυτοκράτορα Ιωάννη Τσιμισκή εναντίον του ιδρυτή της Λαύρας.
Ο γ΄ Παύλος «ο του Ξηροποτάμου» υπήρξε μαθητής του β΄ και διάδοχος στην ηγεμονία της Μονής. Είναι γνωστός και διακρίνεται από τον προηγούμενο, από τον πάγιο τύπο: «Παύλος μοναχός του Ξηροποτάμου». Λοιπόν ιδρυτής της Μονής είναι ο Παύλος β΄ ο Ξηροποταμίτης.