Η Ιερά Μονή Αγίου Ραφαήλ βρίσκεται στα Β.Α. του νησιού και σε απόσταση 3 χλμ από τον οικισμό της Θερμής.Η σημερινή Μονή χτίστηκε στην θέση Παλαιοχριστιανικής βασιλικής.
Στην μοναστηριακή της ζωή διακρίνουμε τρεις περιόδους:
(α) από τον 10ο αιώνα έως το 1235,
(β) από το 1433 έως το 1463 – έτος καταστροφής της από τους Τούρκους, με τελευταίο ηγούμενο τον Άγιο Ραφαήλ και
(γ) από το 1962 έως σήμερα.
Η Ιερά Μονή Αγίου Ραφαήλ είναι πλέον ένα από τα πιο ξακουστά προσκυνήματα της Ορθοδοξίας μας. Βρίσκεται λίγο πιο πάνω από την Λουτρόπολη της Θερμής στον Λόφο των Καρυών, που έγινε τόπος μαρτυρίου.
Πρώτη περίοδος
Την πρώτη περίοδο το 1235 ήταν γυναικεία Μονή με Ηγουμένη την Αγία Ολυμπία και 30 Μοναχές. Μαρτύρησαν όλες από τους Σαρακηνούς πειρατές.
Δεύτερη περίοδος
Τη δεύτερη περίοδο το 1463 η Μονή λειτούργησε σαν ανδρική με Ηγούμενο τον Άγιο Ραφαήλ.
Ο Άγιος Ραφαήλ με τον Άγιο Νικόλαο μετά την πτώση της Κωνσταντινουπόλεως το 1453 εγκαταστάθηκαν και έζησαν ειρηνικά για 9 περίπου χρόνια στην Μονή που ήταν αφιερωμένη στο Γενέσιο Της Θεοτόκου.
Το 1463 έγινε ένα κίνημα στην Θερμή και οι Χριστιανοί ανέβηκαν να κρυφτούν στο Μοναστήρι. Μαζί τους ήταν ο Δάσκαλος Θεόδωρος με τον Προεστό Βασίλειο (πατέρα της δωδεκάχρονης Αγίας Ειρήνης) και την οικογένειά του.
Οι Τούρκοι έφτασαν στο Μοναστήρι την Μεγάλη Παρασκευή, συνέλαβαν τον Ηγούμενο Ραφαήλ, τον Διάκονο Νικόλαο, την οικογένεια του Προεστού και τον Δάσκαλο.
Άρχισαν να τους βασανίζουν για να ομολογήσουν πού κρύβονται οι άλλοι Χριστιανοί και για να αρνηθούν την Πίστη τους.
Την Αγία Ειρήνη αφού έκοψαν το χεράκι της μπροστά στους γονείς της την έβαλαν σ’ ένα πιθάρι και την έκαψαν.
Στον Άγιο Ραφαήλ έκαναν πολλά μαρτύρια. Τον χτυπούσαν με τα ρόπαλα, Τον έσερναν από τα μαλλιά και την γενειάδα, Τον έδειραν με αγριότητα, Τον κεντούσαν με τις λόγχες και μετά Τον κρέμασαν ανάποδα σε μία καρυδιά, Τον πριόνισαν από το στόμα και απέκοψαν την σιαγόνα Του την Τρίτη ημέρα του Πάσχα, την Λαμπροτρίτη, που εορτάζεται η μνήμη τους.
Τον Άγιο Νικόλαο Τον είχαν δέσει σε μία καρυδιά, τον κεντούσαν με τις λόγχες και βλέποντας να πριονίζουν τον Αγαπημένο Του Ηγούμενο έπαθε συγκοπή.
Ήταν 9 Απριλίου 1463.
Κατόπιν έβαλαν φωτιά στο Μοναστήρι κι έφυγαν.
Την άγνωστη μέχρι τότε ιστορία της Ι. Μονής την αποκάλυψε ο ίδιος ο Άγιος Ραφαήλ σε διάφορα πρόσωπα.
Η σκαπάνη και η αρχαιολογική έρευνα επαλήθευσαν όλα όσα είπε.
Η μνήμη των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης εορτάζεται πανηγυρικά την Τρίτη ημέρα του Πάσχα (Λαμπροτρίτη).
Για την ημέρα αυτή πλήθος πιστών καταφθάνουν από τα πέρατα του κόσμου.
Τρίτη περίοδος
Την τρίτη περίοδο το 1964 η Ηγουμένη Ευγενία Κλειδαρά έκτισε εκ του μηδενός την Μονή των νεοφανών Αγίων Ραφαήλ Νικολάου και Ειρήνης.Η Ηγουμένη Ευγενία, κατά κόσμον Ειρήνη, κόρη του Φιλίππου Κλειδαρά, καταγόταν από το Πλωμάρι της Λέσβου.Εκάρη Μοναχή από τον Μητροπολίτη Χίου Παντελεήμονα Φωστίνη και τον Γέροντα Κορνήλιο Μαρμαρινό, οι οποίοι της ανέθεσαν την Ηγουμενία της Ι. Νέας Μονής και της Ι.Μ. Αγίας Σκέπης Χίου.Αργότερα πήρε άδεια από τον Μητροπολίτη Χίου και πήγε στα Βριλήσσια των Αθηνών να κτίση μία εκκλησία της Αγίας Μαγδαληνής που την είχε προστάτιδά της. Τότε παρουσιάστηκε ολοζώντανος ο Άγιος Ραφαήλ και της είπε.
«Δεν θα πραγματοποιήσεις το σχέδιό σου τώρα, γιατί σε προορίζω Ηγουμένη για το Μοναστήρι μου».
Κατόπιν κατέφθαναν γράμματα από πολλά πρόσωπα και της βεβαίωναν το κάλεσμα του Αγίου.
Η επιστολή του τότε Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου Μυτιλήνης κ. Ιακώβου Κλεομβρότου επισφράγισε το θέλημα του Αγίου. Στις 27 Μαρτίου 1964 πήρε τον επίσημο διορισμό της ως Ηγουμένη και ξεκίνησε την επίπονη ανηφορική της πορεία.
Έκτισε το Μοναστήρι των Καρυών εκ του μηδενός ξεκινώντας από ένα αντίσκηνο.
Η αφοσίωσή της στους Αγίους και η αυταπάρνησή της έκανε τον πατέρα της να της αγοράσει τα γύρω κτήματα.
Προικισμένη με εξαιρετικό λογοτεχνικό ταλέντο έγραψε 170 βιβλία, τα οποία μίλησαν στις καρδιές των ανθρώπων, έφτασαν σε όλα τα κράτη και μεταφράστηκαν σε ξένες γλώσσες.
Το συγγραφικό της έργο βραβεύτηκε διεθνώς.
Με τα έσοδα από το συγγραφικό της έργο έκτισε το Μοναστήρι. Η προσωπική της προσφορά στην κοινωνία ήταν απεριόριστη και πολυσήμαντη με υποτροφίες, κτίσιμο και εξοπλισμό σχολείων, νηπιαγωγείων, βιβλιοθηκών και Εκκλησιών.
Στήριξε το Ορφανοτροφείο θηλέων Μυτιλήνης, το Γηροκομείο και πολλά άλλα.
Είναι γνωστό τι πέτυχαν η πίστη, η θυσιαστική αγάπη και η θέλησή της στον Λόφο των Καρυών, το πόσο κατανάλωσε τον εαυτό της για να δοξασθούν οι Άγιοι Ραφαήλ, Νικόλαος και Ειρήνη στα πέρατα της γης και να γίνει το Μοναστήρι Παγκόσμιο Προσκύνημα.
Η ίδια με την βαθιά ταπεινοφροσύνη της έλεγε:
«Εδώ ηγουμενεύει ο Άγιος Ραφαήλ και με την καθοδήγηση και την συμπαράστασή Του έγιναν όλα».
Αγάπησε ειλικρινά τον άνθρωπο και έκανε τα πάντα για την σωτηρία έστω και μιας ψυχής.
Για την αδελφότητα της Ιεράς Μονής που η ίδια δημιούργησε υπήρξε η αξέχαστη Πνευματική Μητέρα της Αγάπης-πρότυπο ταπεινοφροσύνης και πνευματικού αγώνα.
Θα μείνει για τις επερχόμενες γενιές φωτεινό παράδειγμα αρετής και αγιότητος.
Εκοιμήθη εν Κυρίω στις 4 Ιουλίου του 2013.
Σήμερα το Μοναστήρι συνεχίζει την πορεία του με Ηγουμένη την Μοναχή Ταβιθά, την οποία η ίδια η Αγία Μητέρα υπέδειξε να αναλάβει την θέση αυτή. Η Ηγουμένη Ταβιθά κατάγεται από την Κύπρο και επί σειρά ετών μαθήτευσε κοντά της. Με τα πλούσια χαρίσματα που της έχει δώσει ο Θεός, συνεχίζει με πολλή αγάπη και επίγνωση να επιτελή τα καθήκοντά της.