Ο Άγιος Μηνάς καθιερώθηκε πολιούχος του Ηρακλείου την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Η διαφορετική θρησκεία Κρητικών και Τούρκων υπήρξε κύρια αιτία βιαιοπραγιών από τους μουσουλμάνους εναντίων των χριστιανών.
Η παράδοση λέει ότι το Πάσχα του 1826 ενώ οι χριστιανοί ήταν μαζεμένοι στο ναό και παρακολουθούσαν τη λειτουργία της Ανάστασης, όχλος μουσουλμάνων προετοίμαζε σφαγή εναντίον τους, η οποία αποφεύχθηκε με την επέμβαση ενός ηλικιωμένου αξιωματικού καβαλάρη. Ο καβαλάρης αυτός έμοιαζε με το πρωτοπαλίκαρο των Τούρκων, τον Αγιάν Αγά, που τους ηρέμησε και τους απέτρεψε από τη σφαγή των χριστιανών. Την επέμβαση αυτή του μυστηριώδη καβαλάρη, οι χριστιανοί την απέδωσαν σε θαύμα του Αγίου Μηνά, πιστεύοντας ότι ήταν αυτός που παρουσιάστηκε στους Τούρκους και όχι ο Αγιάν Αγάς.
Όμως, ακόμη κι αν οι Τούρκοι είχαν δίκιο και δεν ήταν ο Άγιος Μηνάς ο έφιππος αξιωματικός, ήταν θαύμα ο Τούρκος διώκτης των χριστιανών (Αγιάν Αγάς) να λειτουργήσει σαν προστάτης τους την τελευταία στιγμή.
Από τότε ο Άγιος Μηνάς απεικονίζεται έφιππος ως Ρωμαίος στρατηγός και τιμάται ως προστάτης της πόλης του Ηρακλείου. Αναφέρει ο Γεώργιος Συλλαμιανάκης, στο βιβλίο του “Αγιος Μηνάς” το 1939, πως όχι μόνο οι Χριστιανοί θεωρούσαν προστάτη της πόλης τον Άγιο Μηνά αλλά και οι Τούρκοι, οι οποίοι αντίκριζαν τον Άγιο με φόβο και σεβασμό.
Θαύματα του αγίου αναφέρονται και σε πιο πρόσφατες εποχές, όπως το ότι ο Άγιος Μηνάς προστάτευσε το ναό του από τον σφοδρό βομβαρδισμό του Ηρακλείου στις 23 Μαίου 1941.
Ο θεμέλιος λίθος του Ιερού Ναού τέθηκε στις 25 Μαρτίου του 1862 από τον αρχιερέα Διονύσιο Χαριτωνιάδη μετέπειτα Οικουμενικό Πατριάρχη.
Τα σχέδια του ναού έγιναν από τον Ηπειρώτη αρχιτέκτονα Αθανάσιο Μούση.
Η έκρηξη της Κρητικής επανάστασης το 1866 οδήγησε στην άμεση διακοπή των εργασιών, που συνεχίστηκαν το 1883 και ολοκληρώθηκαν το 1895. Για το κτίσιμο του Ναού πολλοί Ηρακλειώτες προσέφεραν χρηματικά ποσά, ενώ όσοι αδυνατούσαν, προσέφεραν προσωπική εργασία. Η δαπάνη ανέγερσης ανήλθε στις 30 χιλιάδες λίρες χωρίς την προσωπική εργασία των Χριστιανών.
Τα εγκαίνια έγιναν με κάθε μεγαλοπρέπεια στις 16 Απριλίου 1895, Κυριακή των Μυροφόρων, από τον Κρήτης Τιμόθεο Καστρινογιαννάκη.