Όταν ο Άγιος Διονύσιος μόναζε στην Μονή της Άναφωνητρίας, χρειάστηκε να κατέβει στην πόλη συνοδευόμενος από τον διάκονο Δανιήλ. Στο δρόμο έπεσε ραγδαία βροχή, αλλά κατά τρόπο θαυμαστό δεν βράχηκε ούτε ο Άγιος ούτε ο συνοδός του. Λίγο αργότερα συνάντησαν έναν χείμαρρο που ήταν αδύνατο να περάσουν. Τότε ο Άγιος ευλόγησε τον χείμαρρο, ο οποίος σταμάτησε αφήνοντας τον Άγιο και τον συνοδό του να περάσουν.
ΑΝΕΥΡΕΣΗ ΠΗΓΗΣ ΣΤΑ ΣΤΡΟΦΑΔΙΑ
Όταν ο Άγιος άσκήτευε στις Στροφάδες, κατέβηκε μια ημέρα μαζί με τον ύποτακτικό του στην παραλία για ψάρεμα.Ο ύποτακτικός του δίψασε όμως, και ήθελε να γυρίσει πίσω στο Μοναστήρι για να πιεί νερό, αφού εκεί κοντά δεν υπήρχε πόσιμο νερό. Τότε, ο Άγιος του υπέδειξε ένα κοντινό στην παραλία τόπο, όπου πραγματικά ο Μοναχός βρήκε νερό και ξεδίψασε. Η πηγή αυτή ονομάζεται και σήμερα «βρύση του Άγίου».
Η ΜΕΤΑΝΟΙΑ ΤΩΝ ΔΥΣΠΙΣΤΩΝ ΑΛΙΕΩΝ
Ο Άγιος Διονύσιος κάποτε πήγαινε με άλλους κληρικούς ως προσκεκλημένος στην Μονή Άγιου Γεωργίου στο νησάκι Βόϊδι. Οι ψαράδες, όμως, οι οποίοι τους μετέφεραν με το πλοίο τους ήταν προληπτικοί κατά των ρασοφόρων,και απέδωσαν στην παρουσία των κληρικών την αποτυχία τους στο ψάρεμα. Ο Άγιος, θέλοντας να τους συνετίσει τους υπέδειξε που να ρίξουν τα δίχτυα τους,και παρότι το μέρος εκείνο δεν είχε ποτέ ψάρια, οι ψαράδες έπιασαν τόσα πολλά,ώστε δεν μπορούσαν να σηκώσουν τα δίχτυα τους. Τότε προσκύνησαν τον Άγιο και του ζήτησαν συγχώρεση.
Η ΛΥΣΗ ΤΟΥ ΑΦΟΡΙΣΜΟΥ
Στον Ναό του Άγιου Νικολάου των Ξένων βρέθηκε αδιάλυτο το σώμα αφορισμένης γυναίκας νεκρής από πολύ καιρό. Ο Άγιος παρακλήθηκε από τους συγγενείς της γυναικός να λύσει το επιτίμιο.Τότε, διέταξε να βάλουν το πτώμα σε ένα στασίδι. Κατόπιν προσευχήθηκε γονατιστός και με δάκρυα για τη λύση του αφορισμού. Μόλις τελείωσε τη συγχωρητική ευχή ο Άγιος, το πτώμα έκλινε το κεφάλι σαν να προσκυνούσε τον Άγιο και κατόπιν διαλύθηκε σε οστά και χώμα.
ΤΟ ΟΡΑΜΑ ΤΟΥ ΗΓΟΥΜΕΝΟΥ ΔΑΝΙΗΛ
Όταν μετά την κοίμηση του Άγιου Διονυσίου, και την ανακομιδή των Λειψάνων του, το Σκήνωμα του βρέθηκε άθικτο, τοποθετήθηκε από τους Μοναχούς της Μονής Στροφάδων σε ειδική Λάρνακα μέσα στο Καθολικό της Μονής, μέχρι την επίσημη ανακήρυξη του ως Άγίου το 1703. Πρίν από αυτήν ο ιερομόναχος Δανιήλ, που ήταν και ηγούμενος της Μονής Στροφάδων, αμφέβαλλε για την αγιότητα του Ιεράρχου. Μια νύχτα όμως νόμισε ότι είδε τον Εκκλησιάρχη να του ζητάει την ευχή για να σημάνει τον Όρθρο. Ο Ηγούμενος τότε κατευθύνθηκε πρός τον Ναό και μπαίνοντας τον είδε φωταγωγημένο, και τον Άγιο να στέκεται όρθιος έξω από τη Λάρνακα και να Ιερουργεί υπηρετούμενος από Ιερείς και Διακόνους. Τότε ένας από τους Ιερείς λέει στο ηγούμενο Δανιήλ «πληροφορήθηκες τώρα, η αμφιβάλλεις;¨». Τρομαγμένος ο ηγούμενος, έφυγε από τον Ναό και όταν γύρισε για να επιβεβαιώσει το προηγούμενο όραμα του είδε τον Άγιο να αποσύρεται στην Λάρνακα του, τα φώτα του Ναού να σβήνουν και τους Ιερομένους να χάνονται.