Ο Ιωάννης Καποδίστριας καταγόταν από αριστοκρατική οικογένεια της Κέρκυρας. Διετέλεσε υπουργός των Εξωτερικών της Ρωσίας μέχρι το 1822, οπότε απομακρύνθηκε από τη θέση του και εγκαταστάθηκε στην Ελβετία. Πέντε χρόνια αργότερα, το 1827, η Γ' Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας τον εξέλεξε Κυβερνήτη της Ελλάδας.
Ο Καποδίστριας έφτασε στο Ναύπλιο, την πρώτη πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους, αναλαμβάνοντας τη διακυβέρνηση μιας χώρας που έβγαινε από πολύχρονο αγώνα ενώ οι κάτοικοι της και ιδιαίτερα οι πρόσφυγες ήταν εξαθλιωμένοι.
Ο Κυβερνήτης επιχείρησε να οργανώσει το κράτος, βελτιώνοντας τη διοίκηση και την οικονομία του. Προκειμένου να πετύχει το στόχο του, συγκέντρωσε όλες τις εξουσίες στο πρόσωπο του αναβάλλοντας για δύο χρόνια τη σύγκληση της Δ' Εθνοσυνέλευσης, που τελικά πραγματοποιήθηκε στο Άργος. Επίσης, για να διευκολύνει τις συναλλαγές, ίδρυσε Εθνική Τράπεζα και έκοψε νομίσματα (φοίνικας) που αντικατέστησαν τα τουρκικά γρόσια.
Ο Καποδίστριας, επειδή πίστευε ότι η πρόοδος της χώρας στηριζόταν στη γεωργία, ίδρυσε Γεωργική Σχολή στην Τίρυνθα για την εκπαίδευση των Ελλήνων αγροτών, εισήγαγε την καλλιέργεια της πατάτας και στήριξε την παραγωγή μεταξιού. Παράλληλα, αναπτύχθηκαν το εμπόριο και η ναυτιλία και οργανώθηκε τακτικός στρατός.
Ιδιαίτερη βαρύτητα δόθηκε στη βασική εκπαίδευση των Ελλήνων. Αρμόδια Επιτροπή ανέλαβε τη σύνταξη βιβλίων και τη δημιουργία αλληλοδιδακτικών σχολείων, στα οποία οι καλύτεροι μαθητές των μεγαλύτερων τάξεων μάθαιναν στους μικρότερους με τη βοήθεια του δασκάλου γραφή και ανάγνωση. Ιδρύθηκε επίσης το πρώτο ελληνικό Γυμνάσιο, ενώστο Ορφανοτροφείο της Αίγινας λειτούργησαν αλληλοδιδακτικά, ελληνικά και χειροτεχνικά σχολεία. Στην Αίγινα λειτούργησε και το Κεντρικό Σχολείο.
Καθώς οι διαπραγματεύσεις με τις Μεγάλες Δυνάμεις της εποχής (Αγγλία, Γαλλία, Ρωσία) συνεχίζονταν, η χώρα δεν είχε ακόμη καθορισμένα σύνορα. Ο Κυβερνήτης χρησιμοποίησε το κύρος και την εμπειρία του στη διεθνή διπλωματία για να πετύχει την κατοχύρωση όσο το δυνατόν περισσοτέρων εδαφών στο ελληνικό κράτος, προτείνοντας να είναι εντελώς ανεξάρτητο και με δικό του ηγεμόνα. Προσπάθησε επίσης να κρατά επαναστατημένη την Κρήτη και τη Στερεά Ελλάδα, προκειμένου οι περιοχές αυτές να συμπεριληφθούν στο νέο κράτος. Στην τελευταία μάχη της Επανάστασης, που δόθηκε στην Πέτρα της Βοιωτίας τον Σεπτέμβριο του 1829, οι εξεγερμένοι Έλληνες με επικεφαλής τον Δημήτριο Υψηλάντη νίκησαν τους Τούρκους και τους ανάγκασαν να συνθηκολογήσουν. Μετά τη σημαντική αυτή νίκη, η Λειβαδιά και ουσιαστικά ολόκληρη η Στερεά Ελλάδα παραδόθηκε στους επαναστάτες.
Η συγκεντρωτική διακυβέρνηση του Καποδίστρια και η σύγκρουσή του με πολλά τοπικά συμφέροντα προκάλεσαν τη δυσαρέσκεια πολιτικών ομάδων, που αντέδρασαν στην πολιτική του. Στις 27 Σεπτεμβρίου του 1831 ο Καποδίστριας δολοφονήθηκε στο Ναύπλιο, με αποτέλεσμα στη χώρα να επικρατήσει αναρχία.