Κατά την Επανάσταση, το Άγιον Όρος, σύσσωμο συμμετείχε στον αγώνα.
Η ενεργός αυτή συμμετοχή των μοναχών είχε όμως τραγικές δημογραφικές και οικονομικές συνέπειες.
Η Επανάσταση στη Χαλκιδική ξέσπασε τον Μάιο του 1821 υπό τον οπλαρχηγό Χάψα και τον Εμμανουήλ Παπά. Με πανηγυρική συνάθροιση στο ναό του Πρωτάτου ο Άθωνας προσχώρησε στο επαναστατικό αυτό κίνημα. Ο Παπάς μάλιστα τέθηκε από τους Αγιορείτες αρχιστράτηγος του αγώνα στη Χαλκιδική.
Γιά τις ανάγκες των πολεμικών επιχειρήσεων οι Μονές παραχώρησαν τα κανόνια τους, πυρομαχικά και τρόφιμα, ενώ μετέτρεψαν τα χαλκιάδικα σε οπλουργεία. Οι ενέργειες των Αγιορειτών συντονίζονταν από την Ιερά Κοινότητα. Είναι χαρακτηριστικό ότι στον στρατό του Παπά, σε σύνολο 3.900 πολεμιστών, οι 1.000 τουλάχιστον ήταν Αγιορείτες με επικεφαλής τον αρχιμανδρίτη Θεόφιλο Βατοπαιδινό, τον αρχιμανδρίτη Γρηγόριο Κουτλουμουσιανό, τον προηγούμενο Ναθαναήλ Λαυριώτη, τον Γεδεών Ξενοφωντινό και τον Ησαία Χιλανδαρινό.
Ειδικότερα, η μονή Εσφιγμένου, στην οποία και εκάρη μοναχός ο Ιάκωβος Νεασκητιώτης, συμμετείχε με όλους τους μοναχούς της στην Επανάσταση.
Σ᾿ αυτό συνετέλεσε το γεγονός ότι ο ηγούμενός της Ευθύμιος, που διακόνησε και σαν γραμματέας του πατριάρχη Γρηγορίου Ε’, Φιλικός, αλλά και στενός συνεργάτης του Παπά, από τις πρώτες μέρες της Επανάστασης διορίστηκε από την Κοινότητα «διά την φύλαξιν του τόπου», «να επιστατή και εφορεύη» τον επαναστατικό στρατό στη Βίγλα, στα σύνορα του Αγίου Όρους. Τις ημέρες εκείνες, «εις την επανάστασιν της Ελλάδος», μαρτύρησαν στη Θεσσαλονίκη «δεκαέξι τον αριθμόν προσεστώτες της Μεγίστης Λαύρας, ηγούμενοι και προηγούμενοι».
Μετά την καταστολή της Επαναστάσεως στη Χαλκιδική από τον τουρκικό στρατό, ακολοήθησαν αιματηρά αντίποινα. Η Ιερά Κοινότητα προέβη σε άρση του αβάτου με αποτέλεσμα να καταφύγουν στο Όρος 7.000 γυναικόπαιδα από τη Χαλκιδική και τα γύρω νησιά. Παράλληλα, από το Φεβρουάριο του 1822, οπότε και συνθηκολόγησε η Ιερά Κοινότητα (Δεκέμβριος του 1821), τουρκικά στρατεύματα από 3.000 οπλίτες εγκαταστάθηκαν στον ιερό τόπο, όπου και παρέμειναν για τα επόμενα εννέα χρόνια, βιαιοπραγώντας και λεηλατώντας τα ιερά αθωνικά σκηνώματα.
Καθ᾿ όλο αυτό το διάστημα τρέφονταν από τις Μονές και υπηρετούνταν από τους μοναχούς. Παράλληλα, πολλοί από τους Αγιορείτες εγκατέλειψαν τον Άθωνα είτε με πλοιάρια των μονών ή με πλοία που έρχονταν από τα νησιά, παίρνοντας μαζί τους ατομικά αντικείμενα και ιερά κειμήλια. Οι πρόσφυγες μοναχοί εγκαταστάθηκαν στα πλησιέστερα νησιά των Βορείων Σποράδων αλλά και στην Ύδρα.[ …]
ΑΠΟΣΠΑΣΜΑ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΒΛΙΟ (ΔΙΔΑΚΤΟΡΙΚΗ ΔΙΑΤΡΙΒΗ) ΤΟΥ ΜΟΝΑΧΟΥ ΠΑΤΑΠΙΟΥ ΚΑΥΣΟΚΑΛΥΒΙΤΗ: Ο ΜΟΝΑΧΟΣ ΙΑΚΩΒΟΣ ΝΕΑΣΚΗΤΙΩΤΗΣ ΚΑΙ ΤΟ ΕΡΓΟ ΤΟΥ (ΑΓΙΟΝ ΟΡΟΣ 2014)