Το σπήλαιο της Γέννησης του Χριστού στην Βηθλεέμ επισκέπτονται κάθε χρόνο άνθρωποι από όλο τον κόσμο.
Στο σημείο της φάτνης,που βρίσκεται κάτω από το ναό που είναι χτισμένος εκεί, γονατίζουν και προσεύχονται όχι μόνο την ημέρα των Χριστουγέννων αλλά κατά τη διάρκεια όλου του έτους.
Εκατόν τριάντα χρόνια μετά την γέννηση του Χριστού, το Άγιο Σπήλαιο αποτελούσε τόπο προσκυνήματος για τους Χριστιανούς. Ο ειδωλολάτρης αυτοκράτορας Ανδριανός, θέλοντας να παραδώσει στην λήθη τον τόπο, ανήγειρε ναό αφιερωμένο στον Άδωνη, όπως είχε πράξει και στον Γολγοθά, με την ανέγερση ιερού αφιερωμένου στην Αφροδίτη.
Η προσπάθειά του δεν τελεσφόρησε. Η μαρτυρία του Ωριγένη, που επισκέφθηκε την Παλαιστίνη το 213 μ.Χ. δείχνει, ότι ο τόπος ήταν περιφανής και το χριστιανικό προσκύνημα ξακουστό, ακόμα και ανάμεσα στους εθνικούς. Στις αρχές του Δ’ αι. η Αγία Ελένη ανήγειρε χριστιανικό ναό και αφιέρωσε πολύτιμα κειμήλια. Το οικοδόμημα συμπλήρωσε ο Μ. Κωνσταντίνος και στόλισε με χρυσό, ασήμι και πολύτιμους λίθους τα αναθήματα, κατά την μαρτυρία του Ευσέβιου Καισαρείας. Την μαρτυρία αυτή επιβεβαιώνει και ο συγγραφέας του οδοιπορικού της Βουρδιγάλης, γράφοντας για την εκκλησία της Βηθλεέμ: «δύο μίλια πέρα του τάφου της Ραχήλ είναι η Βηθλεέμ, όπου γεννήθηκε ο Κύριος ημών Ιησούς Χριστός˙ εκεί οικοδομήθηκε εκκλησία κατά διαταγή του Μ. Κωνσταντίνου.
Η εκκλησία διατηρήθηκε για δύο αιώνες. Τον Ε’ αι. ο Ιουστινιανός ανήγειρε μεγαλύτερη και περιφανέστερη εκκλησία. Ήθελε το οικοδόμημα αυτό να είναι το λαμπρότερο απ’ όλα της Παλαιστίνης. Ο αρχιτέκτονας, όμως από σεβασμό στο αρχαίο έθος διατήρησε το αρχικό σχήμα του ναού, εν μέρει. Την επιβεβαίωση της πληροφορίας, ότι ο ναός στην Βηθλεέμ είναι έργο δικό του, λαμβάνουμε από ανώνυμο Αραβικό χρονικό. Μετά τον Ιουστινιανό σπανίζουν οι πληροφορίες για τον ναό αυτό. Η περσική εισβολή του 614 μ.Χ., ενδεχομένως να επέφερε καταστροφή και στην Βηθλεέμ, όμως η στιβαρή κατασκευή δεν επέτρεψε εκτεταμένες βλάβες. Η ζημιά διορθώθηκε εύκολα και επανήλθε στην πρότερη λαμπρή κατάσταση. Οι Αρκούλφος και Βιλιβάρδος περιγράφουν με θαυμασμό τον ναό, τους Ζ’ και Η’ αι. αντίστοιχα, ενώ ο Βερνάρδος την Θ’ εκατονταετηρίδα γράφει: « στην Βηθλεέμ υπάρχει μεγάλη εκκλησία, στο μέσο της οποίας είναι ένα σπήλαιο υπόγειο, του οποίου η είσοδος βρίσκεται προς νότο και η έξοδος προς ανατολάς (ίσως προς βορά)˙ μέσα στο σπήλαιο δυτικά δεικνύεται η Αγία Φάτνη».
Όταν τον ΙΑ’ αι. όλες οι εκκλησίες της Αγίας Γης κατεδαφίσθηκαν από τον Χακίμ ιμπν Αμρ-ιλλάχ μόνο η εκκλησία της Βηθλεέμ σώθηκε. Ο Γάλλος χρονογράφος Ademar έγραψε ότι, όταν οι Σαρακηνοί αποπειράθηκαν να καταστρέψουν τον ναό, φως ως αστραπή έπεσε πάνω τους και θανάτωσε πολλούς. Το 1099 μ.Χ. έφτασαν οι σταυροφόροι στα Ιεροσόλυμα. Βρήκαν την εκκλησία της Βηθλεέμ άθικτη. Ο Γοδεφρείδος απέστειλε τον Ταγκράδο με 100 ιππότες και κατέλαβαν την Βηθλεέμ μέσα σε μια μέρα. Το 1103 μ.Χ. γράφει, ότι όλη η περιοχή είχε ερημώσει και μόνο ο ναός έστεκε ακόμη όρθιος. Στον επόμενο μισό αιώνα η φθορά είχε επέλθει σε τέτοιο σημείο, ώστε ο αυτοκράτορας των Ρωμαίων κυρ Μανουήλ Κομνηνός με μεγαλοδωρία επισκεύασε αυτόν. Ο Ιωάννης Φωκάς στο σύγγραμμά του για τους Αγίους Τόπους δασώζει, ότι ο Λατίνος επίσκοπος έστησε την μορφή του αυτοκράτορα Μανουήλ στο Θυσιαστήριο του Αγίου Σπηλαίου. Μετά την διάλυση των σταυροφορικών βασιλείων, οι αυτοκράτορες της Κωνσταντινούπολης, διατήρησαν τον ορθόδοξο κλήρο στην Βηθλεέμ, κατευνάζοντες με πλούσια δώρα την εκδικητική μανία των μουσουλμάνων. Έτσι το 1348 ο Καντακουζηνός απέστειλε πρεσβεία στον Σουλτάνο των Μαμελούκων της Αιγύπτου Νασρεντίν Χασάν, υπό τον Πατριάρχη Ιεροσολύμων Λάζαρο, που μεσίτευσε υπέρ του Ναού της Αναστάσεως και των άλλων προσκυνημάτων.
Το 1435 μ.Χ. ο βασιλιάς της Τραπεζούντας Αλέξιος Κομνηνός ανακαίνισε την μολυβδοσκέπαστη στέγη του ναού. Το 1561 ο Πατριάρχης Ιεροσολύμων Σοφρώνιος έκτισε τις τέσσερις κάμαρες που βρίσκονται σε αμφότερα τα μέρη του Αγίου Σπηλαίου. Η στέγη του ναού έχρηζε ήδη εκ νέου επισκευή επί πατριαρχίας του Παϊσίου, αλλά αυτός δεν κατόρθωσε να φέρει εις πέρας το έργο, λόγω έλλειψης χρημάτων. Ο διάδοχός του Νεκτάριος έπεισε κάποιον επιφανή Μανωλάκη Καστοριανό να συνδράμει στις εργασίες και ξεκίνησε την διαδικασία της έκδοσης της σχετικής άδειας από την Πύλη. Οι εργασίες εκίνησαν τελικά από τον Πατριάρχη Δοσίθεο. Ο προαναφερθείς Μανωλάκης Καστοριανός συγκέντρωσε την απαραίτητη ξυλεία στην Ιόππη. Από εκεί με άμαξες κατευθύνθηκαν στα Ιεροσόλυμα. Αλλά στην κοιλάδα του χείμαρρου Σαλάμ, βόρεια από τους Εμμαούς, ο δρόμος ήταν δύσβατος και οι άμαξες δεν μπορούσαν να διέλθουν. Εξήλθαν λοιπό οι Ορθόδοξοι από τις πόλεις Ρεμπλί, Ραμμάλα και Λύδδα καθώς και από Ιερουσαλήμ και με την δική τους προσωπική εργασία διάνοιξαν την οδό προς Ιερουσαλήμ. Έτσι η μεταφορά διήρκεσε από Αύγουστο ως Δεκέμβριο. Τον Σεπτέμβριο του 1672 ξεκίνησαν η επισκευή που συμπεριελάμβανε την ανακαίνιση της στέγης, συτνήρηση στους τοίχους, διάνοιξη θυρών κεκλεισμένων και παραθύρων κι αντίστοιχη τοποθέτηση, μαρμαρόστρωση και ασβέστωμα. Για την κάλυψη της στέγης με μόλυβδο αναχωνεύθηκε ο ήδη υπάρχων και συμπληρώθηκε όσο έλειπε. Τα εγκαίνια έγιναν τον Ιούλιο του ίδιου (εκκλησιαστικού) έτους από την σύνοδο που απήλλαξε τον Κύριλλο Λούκαρη από τις κατηγορίες των Ιησουιτών (βλ. σχετικά εδώ).
Άλλες μικρότερες επισκευές έγιναν το 1689 μ.Χ. με την άδεια του σουλτάνου Σουλεϊμάν του Β’ και το 1775 μ.Χ. επί πατριαρχίας Αβραμίου. Το 1842 μ.Χ. έγινε άλλη μια μεγάλη ανακαίνιση του οικοδομήματος επί Αθανασίου του Γ’. Η στέγη αντικαταστάθηκε και μολυβδοσκεπάστηκε. Το έδαφος του Καθολικού στρώθηκε με μάρμαρα, ενώ έξω στις κολώνες στρώθηκε με ντόπια πέτρα. Όλοι οι τοίχοι, των οποίων το μωσαϊκό κατέπεσε από την πολυκαιρία, καλύφθηκαν με μαρμαρόσκονη. Αυτή ήταν και η τελευταία μεγάλη ανακαίνιση του ναού