Ειδική διυπουργική επιτροπή με σκοπό την «ορθή και αποτελεσματική εφαρμογή της στρατηγικής συνεργασίας μεταξύ της Ελληνικής Δημοκρατίας και της Δημοκρατίας της Βόρειας Μακεδονίας» συγκρότησε ο υπουργός Εξωτερικών Γιώργος Κατρούγκαλος. Πρόεδρος της επιτροπής με έργο τον συντονισμό, την προώθηση και υλοποίηση των αναγκαίων συνεργιών προς την κατεύθυνση αυτή ορίστηκε η αναπληρώτρια υπουργός Εξωτερικών Σία Αναγνωστοπούλου.
Η συγκεκριμένη μη αμειβόμενη επιτροπή επιφορτίζεται με την προετοιμασία του συνολικού σχεδίου δράσης που προβλέπεται στα άρθρο 9 της Συμφωνίας των Πρεσπών: «Τα Μέρη συμφωνούν ότι η στρατηγική τους συνεργασία θα επεκταθεί σε όλους τους τομείς όπως η γεωργία, η πολιτική προστασία, η άμυνα, η οικονομία, η ενέργεια, το περιβάλλον, η βιομηχανία, οι υποδομές, οι επενδύσεις, οι πολιτικές σχέσεις, ο τουρισμός, το εμπόριο, η διασυνοριακή συνεργασία και οι μεταφορές. Αυτή η στρατηγική συνεργασία θα αφορά όχι μόνον τους τομείς που περιλαμβάνονται στην παρούσα Συμφωνία αλλά επίσης και εκείνους που μπορεί στο μέλλον να κριθούν επωφελείς και απαραίτητοι σε αμφότερες τις χώρες. Όλοι αυτοί οι τομείς πρέπει να ενσωματωθούν σε ένα συνολικό Σχέδιο Δράσης κατά την πορεία ανάπτυξης των διμερών σχέσεων».
Η ειδική διυπουργική επιτροπή αποτελείται από 14 τακτικά και 14 αναπληρωματικά μέλη με πρώτο εξ αυτών το διευθυντή του Οικονομικού Γραφείου του πρωθυπουργού Γιώργο Τσίπρα, ο οποίος πλαισιώνεται από υπηρεσιακούς παράγοντες 10 υπουργείων.