Οι εμφύλιοι πόλεμοι ήταν ενδημικό φαινόμενο στην αρχαία Ελλάδα, σε όλες τις ιστορικές της φάσεις. Πριν ο βασιλικός οίκος των Μυκηνών κυριαρχήσει στην Ελλάδα χρειάστηκε να δώσει σκληρούς αγώνες κατά των άλλων αχαϊκών βασιλείων, της Πελοποννήσου αρχικά, και της υπόλοιπης Ελλάδας αργότερα. Οι μύθοι του Ηρακλή, εθνικού ήρωα των Μυκηναίων, γεννημένο στη Θήβα και προπάτορα των Δωριέων (των Ηρακλειδών), είναι σε αυτό το σημείο διαφωτιστικοί.
Ο μύθος για τον καθαρισμό των στάβλων του βασιλιά της Ηλείας Αυγεία, έχει σχέση με τον πόλεμο των Μυκηναίων κατά των Ηλείων, ο οποίος τελείωσε με νίκη των πρώτων.
Η βασιλική δυναστεία της περιοχής εκθρονίστηκε και η χώρα πέρασε στην «κηδεμονία» των Μυκηνών.
Σε ανάμνηση μάλιστα της νίκης του, ο θρύλος αναφέρει ότι, ο Ηρακλής καθιέρωσε τότε τους Ολυμπιακούς Αγώνες.
Έχοντας εξασφαλίσει τον έλεγχο της βόρειας Πελοποννήσου, οι Μυκηναίοι στράφηκαν κατά των Μεσσήνιων. Οι Μεσσήνιοι ηττήθηκαν και ο βασιλιάς τους Νηλέας σκοτώθηκε. Στη θέση του ανέβηκε στον θρόνο ο νεώτερος γιος του, ο Νέστωρ.
Απέμενε μόνο η κατάκτηση της Λακωνίας.
Αυτή επετεύχθη με τη συνδρομή των Αρκάδων. Και εδώ ο παλαιός δυναστικός οίκος του Ιπποκόοντα καταλύθηκε και βασιλιάς ανέλαβε ο Τυνδάρεως, στενός φίλος του Ηρακλή. Η υποταγή ολόκληρης της Πελοποννήσου υπό το σκήπτρο του βασιλιά των Μυκηνών Ευρυσθέα ήταν πλέον γεγονός. Ουσιαστικά η εξέλιξη αυτή υπολογίζεται ότι επετεύχθη στις αρχές του 13ου αιώνα π.Χ.
Τόσο ο Απολλόδωρος ο Ρόδιος, όσο και ο Παυσανίας, κάνουν εκτενείς αναφορές για τα γεγονότα αυτά θεωρώντας ως πέρα για πέρα αληθινά. Άσχετα αν η μυθολογικές περιγραφές τους ήταν ακριβείς, σημασία έχει ότι περιγράφουν πολέμους που πράγματι έγιναν και που οδήγησαν στην αναγόρευση των Μυκηνών σε πρώτη πελοποννησιακή δύναμη. Από εκεί και πέρα όμως άρχισε ο ανταγωνισμός με την άλλη αρχαία και ισχυρή πόλη, τη Θήβα.
Η Θήβα τον 13ο αιώνα π.Χ. ήταν ισχυρότατη πόλη, επικεφαλής ή μέλος ενός συνασπισμού πόλεων της κεντρικής Ελλάδας. Την πόλη μάλλον κυβερνούσε βασιλιάς του οίκου των Μινυών. Οι Μινύες ήταν κατά πάσα πιθανότητα φύλο ιωνικό, ήταν δηλαδή συγγενείς φυλετικά με τους Μυκηναίους και συνδέονται με τους πρώτους νεολιθικούς πολιτισμούς του Σέσκλου και του Διμηνίου.
Ο επικεφαλής της Αργοναυτικής Εκστρατείας Ιάσων ήταν Μινύας στην καταγωγή, αλλά οι περισσότεροι αργοναύτες τους ήταν Μυκηναίοι.
Τόσο ο Ηρόδοτος, όσο και ο Απολλώνιος ο Ρόδιος κάνουν λόγο για τον οίκο των Μινυών.
Μινύες ήταν, σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, και οι κάτοικοι της Λήμνου. Από το 2.000 π.Χ. ο οίκος των Μινυών ήλεγχε την Βοιωτία, τμήμα της Μαγνησίας, της Φθιώτιδας και της Φωκίδας με κέντρο τον βοιωτικό Ορχομενό. Ως τον 13ο αιώνα π.Χ. το κράτος αυτό ήταν αρκετά ισχυρό για να αψηφά την παντοδυναμία των Μυκηνών.
Οι δύο συνασπισμοί δρούσαν και λειτουργούσαν ανταγωνιστικά μεταξύ τους και έτσι η σύγκρουση δεν άργησε να ξεσπάσει.
Ο πόλεμος αυτός πρέπει να θεωρείτε ο πρώτος καταγεγραμμένος ιστορικά που έλαβε χώρα στην Ελλάδα. Ο Όμηρος μας δίνει στα έπη του πολλά στοιχεία για αυτόν. Οι λόγοι που οδήγησαν στην ανάφλεξη ήταν δυναστικοί και φυσικά οικονομικοί.
Η παράδοση αναφέρει ότι η αφορμή δόθηκε όταν ο Άδραστος, βασιλιάς του Άργους, βοήθησε τον γαμβρό του Πολυνείκη κατά του αδερφού του Ετεοκλή, γιων του Οιδίποδα. Στο μεταξύ, την ίδια περίπου περίοδο συνέβαιναν εξίσου σημαντικά γεγονότα και στην Πελοπόννησο.
Μετά τον θάνατο του Ηρακλή, ο βασιλιάς των Μυκηνών Ευρυσθέας έδιωξε τους απογόνους του ήρωα από την Πελοπόννησο.
Αυτοί , με επικεφαλής τον Ύλλο κατέφυγαν στην Αθήνα. Όταν ο Ευρυσθέας εκστράτευσε κατά των Αθηνών ηττήθηκε από τον ενωμένο στρατό των Ηρακλειδών και των Αθηναίων, κοντά στα Μέγαρα και σκοτώθηκε.
Έτσι έλειψε η δυναστεία του Περσέα από τις Μυκήνες, στον θρόνο των οποίων ανέβηκε τώρα ο Ατρέας (περί το 1280 π.Χ. όπως αποδεικνύουν ενδείξεις καταστροφών στις Μυκήνες). Οι Ηρακλειδείς κατέφυγαν τελικά στη Θήβα. Από τότε σε τακτά χρονικά διαστήματα θα επιχειρούσαν να επιστρέψουν στην πατρογονική γη. Την πρώτη φορά που το επιχείρησαν ηττήθηκαν και ο Ύλλος σκοτώθηκε.
Για να αποτραπεί νέα κάθοδος τους ο Ατρέας οχύρωσε τον Ισθμό (περίπου το 1.250 π.Χ.), όπως αποδεικνύεται από τα ερείπια κυκλώπειων οχυρώσεων που εντοπίσθηκαν στην περιοχή. Όταν λοιπόν ο Πολυνείκης διεκδίκησε τον θρόνο των Θηβών, οι Πελοποννήσιοι βρήκαν τη χρυσή ευκαιρία που ζητούσαν και επιτέθηκαν κατά της Θήβας.
Επικεφαλής της επιχείρησης τέθηκε ο Αργείος Άδραστος. Στην επιχείρηση συμμετείχαν επίσης αρκαδικά και αιτωλικά στρατεύματα. Οι Πελοποννήσιοι έφτασαν μπροστά στη Θήβα και ζήτησαν από τους Θηβαίους να ικανοποιήσουν τα αιτήματα τους. Η πρόταση τους όμως δεν έγινε δεκτή και ο πόλεμος άρχισε. Οι πελοποννησιακές δυνάμεις επιτέθηκαν αλλά αποκρούστηκαν.
Τότε οι Θηβαίοι, με τη βοήθεια των συμμάχων τους Φωκέων και Ορχομενίων, αντεπιτέθηκαν. Στη μάχη όμως που δόθηκε στον Ισμήνιο λόφο, κοντά στην πόλη, οι Θηβαίοι και οι συν αυτούς υπέστησαν συντριπτική ήττα και οι δυνάμεις τους αποσύρθηκαν εντός των τειχών.
Στη συνέχεια οι Πελοποννήσιοι επιτέθηκαν ξανά κατά της πόλης αλλά αποκρούστηκαν και πάλι και δύο από τους ηγέτες του στρατού, ο Καπανεύς και ο Αμφιάραος, σκοτώθηκαν. Ακολούθησε η μονομαχία μεταξύ των δύο αδελφών, Ετεοκλή και Πολυνίκη, στην οποία όμως σκοτώθηκαν και οι δύο και η σύγκρουση παρέμεινε άκριτη.
Οι Πελοποννήσιοι εξακολούθησαν τις άκαρπες και αιματηρές επιθέσεις μέχρι που σκοτώθηκαν και οι υπόλοιποι αρχηγού, εκτός του Αδράστου.
Ο τελευταίος εγκατέλειψε την πολιορκία και επέστρεψε στην Πελοπόννησο, αφού πρώτα ζήτησε από τον βασιλιά της Αθήνας Θησέα, να απαιτήσει την ταφή των Πελοποννησίων νεκρών, που ο νέος βασιλιάς της Θήβας Κρέων, είχε διατάξει να μείνουν άταφοι.
Πράγματι ο Θησέας πίεσε τους Θηβαίους και παρέλαβε και έθαψε τους νεκρούς Πελοποννησίους. Έτσι έληξε η εκστρατεία των «Επτά επί Θήβας», με ήττα των Πελοποννησίων, όχι όμως τόσο συντριπτική ώστε να δοθεί το δικαίωμα στους Θηβαίους να επιχειρήσουν εισβολή στην Πελοπόννησο.
Οι Πελοποννήσιοι όμως επέμειναν και μερικά χρόνια αργότερα επανέλαβαν την επίθεση κατά της Θήβας. Αυτή τη φορά επικεφαλής της επιχείρησης τάχθηκαν οι απόγονοι των νεκρών αρχηγών της πρώτης επιχείρησης, συμμετάσχοντες όλοι αργότερα στην κατά της Τροίας εκστρατεία. Η «Εκστρατεία των Επιγόνων», όπως ονομάστηκε έφερε το επιθυμητό αποτέλεσμα.
Οι ενωμένοι στρατοί των Μεσσηνίων, των Κορινθίων, των Μεγαρέων, των Αρκάδων και των Αργείων νίκησαν τους Θηβαίους στη μάχη της Γλίσαντας και κυρίευσαν την πόλη.
Μετά την τελική επικράτηση των Μυκηνών και σε αυτό τον σκληρό και μακροχρόνιο πόλεμο, ο διάδοχος του Ατρέα, Αγαμέμνων, απέμεινε απόλυτος κυρίαρχος σε όλη την νότια, κεντρική και δυτική Ελλάδα.
Ένα επίσης σημαντικό αποτέλεσμα της θηβαϊκής ήττας ήταν και η φυγή των Ηρακλειδών βορειότερα.
Αργότερα όταν μετά τον μακροχρόνιο Ιλιαδιακό (Τρωικό) Πόλεμο η δύναμη των Μυκηνών εξασθένησε, οι Ηρακλειδείς θα επανέλθουν στην πατρώα γη, συντελώντας, ακούσια, στη δημιουργία του μυθεύματος περί της «καθόδου των Δωριέων».