Ήταν χειμώνας του 1822 – 1823 όταν ο Τούρκος Χασάν Πασάς κατέστρεψε ολοσχερώς το Οροπέδιο Λασιθίου και το ερήμωσε. Κατεβαίνοντας προς τα κάτω, για να σκοτώσει και να αφανίσει όσους Έλληνες βρίσκονταν στο πέρασμά του, κινήθηκε προς την περιοχή του Μιραμπέλλου. Όμως, οι κάτοικοι, γνωρίζοντας τη δράση του και προσπαθώντας να προστατευτούν, είχαν ξεκινήσει να κρύβονται σε σπηλιές, μιας και η γεωμορφολογία της περιοχής τούς επέτρεπε να παραμείνουν σε σημεία που δε θα γίνονταν αντιληπτοί.
Αυτό ακριβώς έκαναν και οι κάτοικοι της Μιλάτου, μιας και το σπήλαιο της περιοχής τους, σε υψόμετρο 140 μέτρα και θέση σχετικά ευνοϊκή, αποτέλεσε μία καλή «επιλογή».
Η ιστορία αναφέρει ότι ένας Τούρκος τους πρόδωσε, καθώς αποκάλυψε στον Χασάν Πασά ότι οι Έλληνες είχαν βρει καταφύγιο στο σπήλαιο. Μέχρι και σήμερα, δεν είναι ξεκάθαρο στους ιστορικούς το πόσοι βρίσκονταν στο σπήλαιο. Άλλοι κάνουν λόγο για 2.000 έως 3.700 αμάχους και 150 – 300 πολεμιστές, άλλοι για 5.000 συνολικά.
Αν και οι Έλληνες οπλαρχηγοί προσπαθούσαν να αποκρούσουν τον Χουσεΐν Μπέη, που με τους 5.000 στρατιώτες του είχε σχεδόν περικυκλώσει το σπήλαιο, κάτι τέτοιο δεν κατέστη εφικτό. Η πολιορκία άρχισε στις 3 Φεβρουαρίου και οι Έλληνες άντεξαν μερικές μέρες μέσα. Λέγεται, μάλιστα, ότι γεννήθηκαν και 40 παιδιά όλο αυτό το διάστημα. Παρά το γεγονός ότι συνέδραμαν περίπου 2.500 Έλληνες για να σώσουν τους υπόλοιπους που βρίσκονταν μέσα, ο χρόνος για τους δεύτερους κυλούσε αντίστροφα, αφού οι Τούρκοι είχαν καταλάβει κομβικές θέσεις, μη αφήνοντας περιθώριο ελευθερίας.
Εκτός των αντικειμενικών δυσκολιών, οι Έλληνες είχαν να αντιμετωπίσουν και την πείνα και τη δίψα.
Στις 15 Φεβρουαρίου, αφού οι Τούρκοι ζήτησαν από τους Έλληνες να παραδοθούν, με την υπόσχεση να μην τους πειράξουν, αποφάσισαν να τους κάψουν ζωντανούς. Έτσι, έβαλαν φωτιά στην είσοδο του σπηλαίου και η αποπνικτική ατμόσφαιρα ανάγκασε τους κατοίκους της Μιλάτου να βγουν έξω. Αυτό ήταν και το τραγικό τους τέλος. Με εντολή των ανωτέρων, οι Τούρκοι κατέσφαξαν τους Έλληνες που βρίσκονταν μέσα μη αφήνοντας κανέναν ζωντανό.
Στο εσωτερικό του σπηλαίου χτίστηκε ένα εκκλησάκι και τοποθετήθηκε και οστεοφυλάκιο με εγχάρακτη επιγραφή στην είσοδο που ενημερώνει τους επισκέπτες για τη θυσία των Ελλήνων το 1823.