Το 1804, οι Έλληνες της Κύπρου εξεγέρθηκαν κατά της οθωμανικής κυριαρχίας, αλλά η εξέγερση κατεπνίγη. Ο δραγουμάνος Χατζηγεωργάκης Κορνέσιος καρατομήθηκε και το 1809, ένα χρόνο αργότερα, τη θέση του πήρε ο Κυπριανός.
Άγνωστο πότε ακριβώς, ο Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία και μάλιστα το 1820 φιλοξένησε τον Φιλικό Δημήτριο Ίπατρο και του υποσχέθηκε οικονομική βοήθεια για την Επανάσταση. Τον Οκτώβριο του ίδιου έτους, ο Αντώνιος Πελοπίδας (υπό τις διαταγές του Αλέξανδρου Υψηλάντη), στάλθηκε να παραλάβει την εισφορά του Αρχιεπισκόπου.
Μετά την έκρηξη της Ελληνικής Επανάστασης στις 25 Μαρτίου 1821, οι Τούρκοι έλαβαν προληπτικά μέτρα στις περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορία, όπου κατοικούσαν ελληνικοί πληθυσμοί και δεν είχαν επαναστατήσαν.
Από τον Ιούνιο έως τον Δεκέμβριο εκδηλώθηκαν διωγμοί σε περιοχές της Μικράς Ασίας (Κωνσταντινούπολη, Σμύρνη, Κυδωνίες και Έφεσος) και της Κύπρου, που αποσκοπούσαν στην τρομοκράτηση των ραγιάδων και την εξόντωση των ηγετών τους.
Η Κύπρος με τη στρατηγική της θέση ανάμεσα στη Μικρά Ασία και την Εγγύς Ανατολή, δεν αποτέλεσε εξαίρεση. Στη μεγαλόνησο εκείνη την εποχή κατοικούσαν 80.000 Έλληνες και 20.000 Τούρκοι. Ο σουλτάνος Μαχμούτ Β’ γνώριζε ότι οι Έλληνες της Κύπρου δεν είχαν την πρόθεση να εξεγερθούν παρά την αριθμητική τους υπεροχή.
Για πολλά χρόνια είχαν επιδείξει νομιμοφροσύνη, όπως αναφέρει το τουρκικό διάταγμα που στάλθηκε στη νήσο για τον αφοπλισμό τους.
Η Φιλική Εταιρεία αποφάσισε να μην εμπλακεί η Κύπρος σε ένοπλο αγώνα, επειδή λόγω της γεωγραφικής θέσης της θα ήταν εξαιρετικά δύσκολο να κυριαρχήσουν εκεί οι ελληνικές δυνάμεις, αλλά να περιοριστεί στην υλική βοήθεια.
Όταν ξεκίνησε η Ελληνική Επανάσταση, ο σουλτάνος διέταξε τον αφοπλισμό των Κυπρίων και το πέτυχε χωρίς να αντιμετωπίσει αντίσταση. Ο Κυπριανός προσπάθησε να πείσει τους Κύπριους να υπακούσουν και διαβεβαίωσε τον Τούρκο κυβερνήτη, Κιουτσούκ Μεχμέτ, για την υπακοή των Ελλήνων.
Παρά τις προσπάθειες αυτές, ο Αρχιμανδρίτης Θεοφύλακτος Θησεύς διένειμε προκηρύξεις στη Λάρνακα, με σκοπό να ξεσηκώσει σε αγώνα τους Έλληνες της Κύπρου. Οι ενέργειές του αυτές καταγγέλθηκαν από τον Οθωμανό κυβερνήτη στην Υψηλή Πύλη. Ο σουλτάνος επέτρεψε στον Κιουτσούκ να συλλάβει και να εκτελέσει εκείνους που συμμετείχαν σε αυτό το κίνημα και να δημεύσει τις περιουσίες τους.
Tο Σάββατο, 9 Ιουλίου 1821, θανατώθηκαν ο Αρχιμανδρίτης Κυπριανός και οι Μητροπολίτες Πάφου, Κιτίου και Κηρυνείας. Μια ομάδα κληρικών, έθαψε τις σορούς του Αρχιμανδρίτη και των Μητροπολιτών την επόμενη ημέρα (Κυριακή, 10 Ιουλίου), στον περίβολο του ναού της Παναγίας Φανερωμένης (Λευκωσία), όπου κτίστηκε μαυσωλείο το οποίο υπάρχει έως σήμερα.
Οι εκτελέσεις συνεχίστηκαν ως τις 14 Ιουλίου και είχαν ως αποτέλεσμα τον θάνατο 470 ή 486 Ελλήνων της Κύπρου και τον εξισλαμισμό 36, για να γλιτώσουν τον θάνατο.
Αναφορές για την 9η Ιουλίου
Ο Άγγλος περιηγητής John Carne γράφει ότι είχε γνωρίσει τον Αρχιεπίσκοπο Κυπριανό ο οποίος συμπέραινε από τις εξελίξεις το βίαιο τέλος που επρόκειτο να έχει. Ο Carne σημειώνει τα λόγια του Κυπριανού: «Ο θάνατός μου δεν είναι μακριά. Ξέρω πως μόνο ευκαιρία περιμένουν, για να με θανατώσουν». Ο Γάλλος πρέσβης Jérôme Méchain γράφει για τις βιότητες των Οθωμανών:
“Η νήσος της Κύπρου…ήσυχος και ειρηνική…εάν την άφηνονανενόχλητον ευρίσκεται σήμερον εις κυκεώνα από της ημέρας της αφίξεως μεγάλου αριθμού στρατευμάτων […] …ο Μουσελίμης καθίσταται μάλλον και μάλλον θηριώδης. Καθ’ εκάστην ημέραν απαγχονίζει, στραγγαλίζει ή κατακρεουργεί εις Λευκωσίαν δυστυχείς ανθρώπους”
Κατά τον Σουηδό Μπέργκρεν, «η Παναγία ντύθηκε παντού στα μαύρα, πολλά σπίτια ήταν πιτσιλισμένα με αίμα».