Ο Θεοτοκόπουλος έμεινε στην Ρώμη για επτά χρόνια και κατά τη διαμονή του εκεί, διεύρυνε τον καλλιτεχνικό του κύκλο, γνωρίζοντας πολλούς διανοούμενους και ζωγράφους της εποχής. Όταν έφτασε στην ιταλική πρωτεύουσα το 1570, έμεινε στο παλάτι του καρδινάλιου Φαρνέζε και δύο χρόνια αργότερα γράφτηκε στην Ακαδημία του Ευαγγελιστή Λουκά, που στην ουσία ήταν μια συντεχνία ζωγράφων της Ρώμης....
Τον ίδιο χρόνο ο Ελ Γκρέκο άνοιξε το δικό του εργαστήριο και εργαζόταν συστηματικά. Από το 1574 είχε δίπλα του σαν μαθητή και τον ζωγράφο Φραντσέσκο Πρεβόστε. Ο Θεοτοκόπουλος επηρεάστηκε από τον ιταλικό μανιερισμό και δημιούργησε πολύπλοκους πίνακες με πλούσια χρώματα και εξαιρετική λεπτομέρεια στην απόδοση των προσώπων και των ενδυμάτων. Άρχισε να θεωρεί τον εαυτό του εξαιρετικό ζωγράφο και ίσως αυτό του κόστισε την απομάκρυνσή του από τη Ρώμη....
Ο Μιχαήλ Άγγελος είχε φιλοτεχνήσει μοναδικά το εσωτερικό του ναού της «Καπέλα Σιξτίνα». Υπήρχαν όμως αρκετοί βαθιά θρησκευόμενοι που θεώρησαν πως τα γυμνά κορμιά ήταν προκλητικά και παράταιρα μέσα σε εκκλησιαστικό χώρο. Ο Δομήνικος τότε είπε πως αν κατέστρεφαν τις τοιχογραφίες του Μιχαήλ Άγγελου, εκείνος θα μπορούσε να ζωγραφίσει πολύ καλύτερες από εκείνες του αναγεννησιακού ζωγράφου. Η δήλωση αυτή, εναντίον του αγαπημένου τους καλλιτέχνη, προκάλεσε πολλές αντιδράσεις και σταδιακά ο Θεοτοκόπουλος αποκλείστηκε από αρκετούς καλλιτεχνικούς κύκλους. Το 1577 ο Θεοτοκόπουλος αποφάσισε να εγκαταλείψει τη Ρώμη και να επισκεφτεί την Ισπανία. Υπάρχει όμως και μία άλλη εκδοχή. Το 1575 ξέσπασε επιδημία πανώλης στη Ρώμη και λίγο αργότερα στη Βενετία. Πολλοί είδαν τον Θεοτοκόπουλο και άλλους μη Ιταλούς ζωγράφους ως εξιλαστήριο θύμα και το κλίμα έγινε αφόρητο γι αυτούς. Ο Ελ Γκρέκο έχοντας γνωρίσει αρκετούς Ισπανούς ζωγράφους, βρήκε καταφύγιο στην Μαδρίτη.... 