Σε ένα παλιό αρχοντικό σπουδαίας ιστορικής αξίας, παραπλεύρως της Ιεράς Αρχιεπισκοπής, βρήκε τη στέγη του τα τελευταία οκτώ χρόνια ένα από τα μεγαλύτερα οράματα που υλοποίησε κατά τη διάρκεια της θητείας του ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος ο Β’. Η Θεολογική Σχολή της Εκκλησίας της Κύπρου, υποδέχτηκε τους πρώτους φοιτητές της το 2015, ενώ μέχρι σήμερα έχουν ήδη αποφοιτήσει 55 φοιτητες, εκ των οποίων οι οκτώ από το μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών. Στο ακαδημαϊκό έτος που διανύουμε, φοιτούν 94 φοιτητές και φοιτήτριες.
Η ιστορία της ίδρυσης της Θεολογικής Σχολής, έχει βαθιές ρίζες πίσω στο χρόνο, αφού έγιναν προσπάθειες για την ίδρυσή της από 1734. Τότε που ο Αρχιεπίσκοπος Φιλόθεος έκανε προσπάθειες αναβάθμισης των γραμμάτων. Αργότερα, το 1854, ο Αρχιεπίσκοπος Κύριλλος Α’, αλληλογραφούσε με έναν Κύπριο μητροπολίτη που ζούσε στη Σηλυβρία, ο οποίος ήταν Σχολάρχης στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης και του ζήτησε να έρθει στην Κύπρο να βοηθήσει στην ίδρυση της Θεολογικής Σχολής της Εκκλησίας της Κύπρου.
Το 1949, ιδρύεται υπό την επιστασία και την οικονομική συνδρομή της Μονής του Κύκκου η Ιερατική Σχολή «Απόστολος Βαρνάβας». Το 1972 ο Εθνάρχης Μακάριος, καταθέτει τον θεμέλιο λίθο της Θεολογικής Σχολής, στο χώρο όπου σήμερα στεγάζεται το Συγκρότημα «ο Φιλελεύθερος» και το Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου, ωστόσο τα σχέδια για την ανέγερση της Σχολής «παγώνουν» λόγω του πραξικοπήματος, της τουρκικής εισβολής και της προσφυγιάς. Το όραμα ωστόσο παραμένει, διότι όπως μας εξηγεί ο πατέρας Κυπριανός, κάθε αυτοκέφαλη εκκλησία, οφείλει να αναλαμβάνει τη μέριμνα της εκπαίδευσης και της μόρφωσης των στελεχών της.
Tο 2015, το όραμα αιώνων της Εκκλησίας της Κύπρου γίνεται πραγματικότητα. Ιδρύεται η Θεολογική Σχολή από τον Αρχιεπίσκοπο Χρυσόστομο Β΄ ως μη κερδοσκοπικός οργανισμός τριτοβάθμιας εκπαίδευσης, με βάση τη νομοθεσία για τις ανάλογες ιδιωτικές σχολές. Η Σχολή άρχισε τη λειτουργία της με ένα προπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών Θεολογίας και σήμερα προσφέρει παράλληλα, ένα μεταπτυχιακό πρόγραμμα στις «Εφαρμογές Ψυχολογίας και Συμβουλευτικής στην Κοινότητα».
Η Σχολή, δεν απευθύνεται μόνο σε κληρικούς. Στις τάξεις της υπάρχουν αρκετές γυναίκες. Ένας από τους βασικούς της στόχους, είναι να ετοιμάσει στελέχη τα οποία θα υπηρετήσουν την Εκκλησία, είτε μέσα από τις Μητροπόλεις, είτε μέσα από την εκπαίδευση είτε από άλλους οργανισμούς. Στις τάξεις της Σχολής φοιτούν και αρκετές γυναίκες.
Ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος, μας λέει ο π. Κυπριανός, ευτύχησε, οκτώ χρόνια μετά την ίδρυση της Σχολής, να δει τους καρπούς των κόπων του για την ίδρυση της Σχολής, να παίρνουν σάρκα και οστά. Ήθελε καθημερινά να ενημερώνεται για όσα συμβαίνουν στη σχολή. Ήθελε να δει την Θεολογική Σχολή να ιδρύεται από την εποχή που ήταν μητροπολίτης Πάφου. Ο πατέρας Κυπριανός Κουντούρης, υπηρέτησε για αρκετά χρόνια ως διάκονος του και ήταν ένας από τους πρώτους ανθρώπους που εμπιστεύτηκε το όραμα της ίδρυσης της Σχολής. Ο ίδιος μαζί με την ομάδα του εργάστηκε για την υλοποίησή του και αργότερα δέχθηκε την τιμητική πρόταση να αναλάβει τη διεύθυνση της Σχολής. Σήμερα, υπογραμμίζει με πολλή αγάπη την καθημερινή έγνοια και μέριμνα που επεδείκνυε ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος για την Θεολογική Σχολή.