Τα κυκλώπεια τείχη της μυκηναϊκής ακρόπολης παρέμεναν ορατά στο πέρασμα των αιώνων και αποτέλεσαν πόλο έλξης πολλών περιηγητών και αρχαιόφιλων, που δεν δίστασαν να λεηλατήσουν το χώρο κατά το 18ο και 19ο αιώνα, επωφελούμενοι από την αδιαφορία και τη φιλαργυρία των Τούρκων.
Το 1837, μετά την απελευθέρωση της χώρας, οι Μυκήνες τέθηκαν υπό την αιγίδα της Αρχαιολογικής Εταιρείας και το 1941 ο αντιπρόσωπός της, Κ. Πιττάκης, καθάρισε την Πύλη των Λεόντων και το 1876 ο Ερρίκος Σλήμαν, ύστερα από μικρές δοκιμαστικές τομές το 1874, ξεκίνησε τη μεγάλη του ανασκαφή, που αποκάλυψε τους πέντε κάθετους λακκοειδείς τάφους του Ταφικού Κύκλου Α και διάφορα αγγεία σπάνιας τέχνης, υπό την επίβλεψη του Π. Σταματάκη, ο οποίος συνέχισε τις εργασίες το διάστημα 1876-1877, αποκαλύπτοντας και τον έκτο τάφο. Το έργο του Σλήμαν συνέχισε επάξια ο Χ. Τσούντας (1884-1902), η συστηματική σκαπάνη του οποίου, σχεδόν επί εικοσαετία, έφερε στο φως το ανάκτορο στην κορυφή της ακρόπολης, καθώς και πλήθος θολωτών τάφων στην ευρύτερη περιοχή. Στη συνέχεια, ανασκαφές στα ανάκτορα και στα νεκροταφεία πραγματοποίησαν οι Δ. Ευαγγελίδης (1909), (1911), Α. Κεραμόπουλος (1917) καιA.J.B. Wace, διευθυντής της Βρετανικής Αρχαιολογικής Σχολής, που από τα 1920 έως τα 1957, συστηματοποίησε τα έως τότε δεδομένα, εμπλούτισε την έρευνα, τα ευρήματα και τη γνώση του χώρου και του πολιτιστικού του ιδιώματος.
Άξιοι συνεχιστές της επιστημονικής έρευνας των προηγουμένων, ο Γουίλιαμ Τέιλορ (Lord William Taylour), η έρευνα του οποίου έφερε στο φως το Θρησκευτικό Κέντρο στην κάτω δυτική πλαγιά του τειχισμένου λόφου, ο Ι. Παπαδημητρίου, που έφερε στο φως τον Ταφικό Κύκλο Β και ο Γ. Μυλωνάς, που, ως διευθυντής ανασκαφών της Αρχαιολογικής Εταιρείας, για 30 περίπου χρόνια διεκπεραίωσε το πιο σημαντικό ανασκαφικό έργο στην ακρόπολη των Μυκηνών, αποκαλύπτοντας εκτεταμένα οικιστικά συγκροτήματα, όπως οι βόρειες αποθήκες, η βορειοδυτική και νοτιοδυτική συνοικία, συμβάλλοντας στην κατανόηση της οργάνωσης και χρήσης του χώρου σ’ ένα μοναδικό ανακτορικό συγκρότημα, όπως αυτό των Μυκηνών. Αναστηλωτικές εργασίες έγιναν το 1950-1955 από τον Α. Ορλάνδο και τον Ε. Στίκα στο θολωτό τάφο, γνωστού ως της Κλυταιμνήστρας, στο ανάκτορο, στο χώρο γύρω από την Πύλη των Λεόντων και στον Ταφικό Κύκλο Β. Επιπλέον, η συμβολή του Σπ. Ιακωβίδη, αλλά και της Φρεντς (E. French), την τελευταία τριακονταετία, κεφαλαιοποιεί τη σχεδόν επί έναν αιώνα συναρπαστική και ατέρμονη ανάγνωση του Μυκηναϊκού πολιτισμού.
Από το 1998 βρίσκεται σε εξέλιξη το έργο «Συντήρηση-Στερέωση-Ανάδειξη των Μνημείων της Ακροπόλεως Μυκηνών και του Ευρύτερου Περιβάλλοντος Χώρου», το οποίο ανέλαβε αρχικά η Ομάδα Εργασίας Συντήρησης Μνημείων Επιδαύρου και στη συνέχεια η Επιτροπή Μυκηνών, που δημιουργήθηκε το 1999 από το Υπουργείο Πολιτισμού. Το έργο της συντήρησης, στερέωσης και ανάδειξης της ακρόπολης και των μνημείων του ευρύτερου περιβάλλοντος χώρου των Μυκηνών συνεχίζεται έως και σήμερα, με στοχευμένες επεμβάσεις που αποσκοπούν στη διάσωση του μοναδικού αυτού μνημείου της παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς.