Πολλές θεωρίες έχουν προταθεί για τα αίτια του θανάτου του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Κατά καιρούς ενοχοποιήθηκαν οι συμπολεμιστές του, ο αλκοολισμός, ο προσωπικός του γιατρός, διάφορες ασθένειες, όπως ο τύφος και η γρίπη ενώ έχουν χυθεί τόννοι μελανιού για συνωμοσίες που στήθηκαν εναντίον του.
Σύμφωνα με ειδικούς από το Πανεπιστήμιο Otago της Νέας Ζηλανδίας το μυστήριο λύθηκε. Όπως αναφέρει Δρ. Katharine Hall καθηγήτρια της Ιατρικής Σχολής Dunedin, σε άρθρο που δημοσιεύτηκε στο The Ancient History Bulletin, ο θάνατος του μεγάλου στρατηλάτη φαίνεται ότι προήλθε εξαιτίας μιας νευρολογικής διαταραχής, του συνδρόμου Guillain- Barre, ενός αυτοάνοσου νοσήματος (GBS).
Ο Μέγας Αλέξανδρος πέθανε στη Βαβυλώνα το 323 π.Χ.. Το σώμα του όμως δεν άρχισε να δείχνει σημάδια αποσύνθεσης για έξι ολόκληρες ημέρες, σύμφωνα με τα ιστορικά στοιχεία. Οι αρχαίοι Έλληνες πίστευαν πως αυτό αποδείκνυε ότι ο Μεγάλος Αλέξανδρος ήταν θεός, αλλά σύμφωνα με την Δρ. Hall υπάρχει μια πιο λογική εξήγηση.
Η Δρ. Hall υποστηρίζει ότι ο Μέγας Αλέξανδρος μπορεί να υπέφερε από μια νευρολογική διαταραχή που είναι γνωστή ως σύνδρομο Guillain-Barré. Εξηγεί ακόμη ότι οι παριστάμενοι μπορεί να μην είχαν παρατηρήσει σημάδια αποσύνθεσης στο σώμα του για τον απλό λόγο ότι ο 32χρονος βασιλιάς δεν ήταν ακόμη νεκρός, παρότι οι γιατροί του πίστεψαν ότι είχε πεθάνει.
Σύμφωνα με τη θεωρία της, ο Αλέξανδρος κόλλησε μια παραλλαγή του GBS, που προκαλούσε παράλυση και, σε συνδυασμό με το γεγονός ότι στην αρχαιότητα οι γιατροί βασίζονταν στην παρουσία, ή την απουσία της αναπνοής, αντί για τον σφυγμό, για να καθορίσουν αν ένας ασθενής ήταν ζωντανός ή νεκρός, η Δρ. Hall πιστεύει ότι ο Μέγας Αλέξανδρος μπορεί να θεωρήθηκε νεκρός πριν πεθάνει.
Ο θάνατός του μπορεί να είναι η πιο διάσημη περίπτωση νεκροφάνειας, ή λανθασμένης διάγνωσης θανάτου, που έχει καταγραφεί ποτέ στην Ιστορία, καταλήγει η Δρ. Hall που πιστεύει ότι με τη δημοσίευσή της ίσως οδηγήσει στον ξαναγράψιμο της ιστορίας.