Αν και οι κατηγορούμενοι ήταν οκτώ, η ονομασία δίκη των έξι δόθηκε λόγω των έξι εκτελέσεων που τελικώς αποφασίστηκαν και πραγματοποιήθηκαν την ίδια ημέρα στην περιοχή του Γουδί. Το περιστατικό αυτό αποτελεί την κορύφωση αλλά και τον επίλογο του Εθνικού Διχασμού.
Το κατηγορητήριο είχε τον χαρακτήρα επαναστατικού εγγράφου και σύμφωνα με την επικρατέστερη άποψη συντάχθηκε από τον Γεώργιο Παπανδρέου, πολιτικό σύμβουλο της Επανάστασης και ανερχόμενο αστέρι της βενιζελικής παράταξης. Μέσα στο κατηγορητήριο υπήρχε ξεχωριστό κεφάλαιο που απέρριπτε την ένσταση των κατηγορουμένων για δίκη από το ειδικό δικαστήριο της Βουλής με τα εξής λόγια: «Αλλ' όχι! Το Έθνος ορθούμενον αιμοσταγές, κρεουργημένον, αλλά αδυσώπητον ενώπιον του, ζητεί παρ'αυτού και των συνεργατών του δικαιοσύνην δια την προδοσίαν και τιμωρίαν δια το έγκλημα. Και εν ονόματι του Έθνους την δικαιοσύνην ταύτην η Επανάστασις θα την αποδώση!».
Η απόφαση του εκτάκτου στρατοδικείου ήταν αναμενόμενη. Παρ' όλα αυτά η Μεγάλη Βρετανία καθώς και μερικοί μετριοπαθείς κύκλοι στρατιωτικών και πολιτικών πίεζαν προκειμένου να μην πραγματοποιηθούν εκτελέσεις. Διαμέσου του πρεσβευτή της Lindley, η Βρετανία ασκούσε πιέσεις στην ελληνική κυβέρνηση απειλώντας τους με κυρώσεις. Εκείνη την εποχή πρωθυπουργός της Βρετανίας ήταν ο Άντριου Μπόναρ Λω, ο πρώτος ξάδερφος του οποίου, αντιβασιλέας των Ινδιών, είχε παντρευτεί την αδελφή του Γεώργιου Χατζανέστη. Αντίθετα με όλους αυτούς ο Βασιλιάς Γεώργιος Β΄ αδιαφόρησε για τους κατηγορουμένους με αποτέλεσμα να δημιουργηθεί χάσμα μεταξύ των βασιλικών.
Ο Ιωάννης Μεταξάς με γραπτή επιστολή του, και κατόπιν συγκατάθεσης του πρωθυπουργού Κροκιδά, ζητάει από το υπουργικό συμβούλιο να δοθεί το δικαίωμα της έφεσης στους κατηγορουμένους. Η επαναστατική επιτροπή όμως την απέρριψε. Ο υπουργός εξωτερικών Νικόλαος Πολίτης, λίγες μέρες πριν την ανακοίνωση της απόφασης, στις 10 Νοεμβρίου παραιτείται κάτω από το βάρος των ασκούμενων πιέσεων. Την παραίτησή του ακολουθεί ολόκληρη η κυβέρνηση Κροκιδά. Τέσσερις μέρες αργότερα σχηματίζεται κυβέρνηση υπό τον Γονατά.
Στις 15 Νοεμβρίου, 7.15 π.μ., ο στρατηγός Αλέξανδρος Οθωναίος διάβασε την τελική ετυμηγορία του δικαστηρίου:
«Εν ονόματι του Βασιλέως των Ελλήνων Γεωργίου Β' το Έκτακτον Στρατοδικείον συσκεφθέν κατα νόμον, κηρύσσει παμψηφεί τους μεν Γεώργιον Χατζανέστην, Δημήτριον Γούναρην, Νικόλαον Στράτον, Πέτρον Πρωτοπαπαδάκην, Γεώργιον Μπαλτατζήν και Νικόλαον Θεοτόκην εις την ποινήν του Θανάτου. Τους δε Μιχαήλ Γούδαν και Ξενοφώντα Στρατηγόν εις την ποινήν των ισοβίων δεσμών. Διατάσσει την στρατιωτικήν καθαίρεσιν των Γεωργίου Χατζανέστη, αρχιστρατήγου, Ξενοφώντος Στρατηγού, υποστρατήγου και Μιχαήλ Γούδα, υποναυάρχου και επιβάλλει αυτούς τα έξοδα και τέλη. Επιδικάζει παμψηφεί χρηματικήν αποζημίωσιν υπέρ του Δημοσίου κατά του Δ. Γούναρη δραχμών 200 χιλιάδων, Ν. Στράτου δραχμών 335 χιλιάδων, Γ. Μπαλτατζή και Ν. Θεοτόκη δραχμών 1 εκατομμυρίου και Μ. Γούδα δραχμών 200 χιλιάδων. Εγκρίθη, απεφασίσθη και εδημοσιεύθη εν Αθήναις τη 15η Νοεμβρίου 1922.»
ο Πρόεδρος - ο Γραμματέας
Α. Οθωναίος - Ιωάννης Πεπόνης
Τα ξημερώματα ο υπουργός στρατιωτικών Πάγκαλος επισκέφθηκε τον Πλαστήρα ζητώντας του την επίσπευση των εκτελέσεων. Και αυτό γιατί ο πλοίαρχος Τάλμποτ με αντιτορπιλικό είχε αποπλεύσει από τη Γένοβα για τον Πειραιά με σκοπό την παράδοση βρετανικού τελεσίγραφου του υπουργού εξωτερικών με το οποίο ζητούσε από την ελληνική πλευρά την πλήρη συμμόρφωση στις υποδείξεις του ξεκαθαρίζοντας ότι σε περίπτωση εκτέλεσης των κατηγορουμένων η Βρετανία θα άφηνε ανυπεράσπιστη την Ελλάδα στις διαπραγματεύσεις της Λωζάνης και δεν θα τους παραχωρούσε δάνειο. Η άφιξη του αναμενόταν από ώρα σε ώρα.
Στις 9 π.μ. στις φυλακές Αβέρωφ ανακοινώθηκε από τον επαναστατικό επίτροπο Γρηγοριάδη η απόφαση του δικαστηρίου στους κατηγορουμένους. Κανένας δεν αιφνιαδιάστηκε πλην του Χατζανέστη. Στους μελλοθάνατους δόθηκε προθεσμία δύο ωρών προκειμένου να αποχαιρετίσουν συγγενείς και φίλους. Στις 10.30 οδηγήθηκαν στο Γουδή για να εκτελεστούν. Πριν την εκτέλεση προηγήθηκε η καθαίρεση του Χατζανέστη από κατώτερους αξιωματικούς. Ο ίδιος τότε δήλωσε ότι η μόνη του ντροπή ήταν το ότι υπήρξε αρχιστράτηγος φυγάδων. Φρούραρχος της εκτέλεσης ήταν ο μάρτυρας κατηγορίας, ταγματάρχης Σπαής. Κανένας δεν θέλησε να του δέσουν τα μάτια. Οι καταδικασθέντες σε θάνατο εκτελέσθηκαν στις 11:27΄. Τα πτώματά τους μεταφέρθηκαν υπο δρακόντεια μέτρα ασφαλείας στο Α΄ νεκροταφείο Αθηνών για να ενταφιαστούν με συνοπτικές διαδικασίες.
Η δίκη των έξι χαρακτηρίστηκε από τους περισσοτέρους ιστορικούς ως αναγκαία πολιτική κίνηση. Ο ιστορικός Τ. Βουρνάς θεωρεί ότι η κατηγορία της ενσυνείδητης προδοσίας δεν μπορεί να ευσταθήσει. Ο Ελευθέριος Βενιζέλος (βλ. παραπάνω) μετέπειτα συμφώνησε στο ότι δεν δύναται να κατηγορηθούν δια πράξιν προδοσίας της Πατρίδος ενώ ο Θεόδωρος Πάγκαλος είπε ότι υπήρξαν μοιραία και αναγκαία θύματα εις τον βωμόν της Πατρίδος. Και ο ίδιος ο Νικόλαος Πλαστήρας φέρεται να μετάνιωσε αργότερα σύμφωνα με μαρτυρία φίλου του.
Ο Βρετανός πρέσβης Λίντλη, ο οποίος είχε επισκεφθεί τον Πλαστήρα, κατά μαρτυρία του ίδιου του Πλαστήρα, και του ζήτησε να παρέμβει για να ματαιώσει τη δίκη ή να πιέσει τους στρατοδίκες να εκδώσουν αθωωτική απόφαση, χαρακτήρισε την δίκη των έξι αληθινή φάρσα ενώ ο Ολλανδός ομόλογός του ένα είδος θεατρικής παράστασης. Ο ιστορικός Θάνος Βερέμης υποστηρίζει στο έργο του Οι επεμβάσεις του στρατού στην ελληνική πολιτική ότι η δίκη των έξι εντασσόταν στις προσπάθειες των στρατιωτικών κύκλων να μετακυλίσουν αλλού τις ευθύνες της καταστροφής ενώ ο Γεώργιος Ζορμπάς, επίτιμος αντιεισαγγελέας του Αρείου Πάγου και πρόεδρος της Αρχής Καταπολέμησης Βρώμικου Χρήματος αναφερόμενος στο νομικό πλαίσιο της δίκης είπε: «Το στρατοδικείο και η ενώπιον αυτού διαδικασία καταπάτησε στοιχειώδη υπερασπιστικά δικαιώματα των κατηγορουμένων»
Το 1933 εντοιχίστηκε μαρμάρινη πλάκα στην είσοδο του υπουργείου δικαιοσύνης με τα ονόματα των εκτελεσθέντων, ενώ στον τόπο εκτελέσεως στο Γουδή κατασκευάστηκε η εκκλησία της Αναστάσεως. Το 2008 ο Μιχαήλ Πρωτοπαπαδάκης, εγγονός του Πέτρου Πρωτοπαπαδάκη, ανέθεσε στον δικηγόρο του Νίκο Βασιλάτο να προσφύγει στον Άρειο Πάγο ζητώντας την ακύρωση της απόφασης του έκτακτου στρατοδικείου. Ο δικηγόρος Νίκος Βασιλάτος, μετά από έρευνα βρήκε πληθώρα νέων στοιχείων με τα οποία θεμελίωσε την αίτηση επανάληψης της διαδικασίας στον Άρειο Πάγο. Ένα από τα σημαντικότερα, ήταν έγγραφα της Στρατιωτικής Ανακριτικής Επιτροπής Επιχειρήσεων Μικράς Ασίας, της οποίας Πρόεδρος ήταν ο Κ. Μαζαράκης και τα οποία είχε απευθύνει προς τον Νικόλαο Πλαστήρα.
Το ποινικό τμήμα του Αρείου Πάγου (3 προς 2) δέχθηκε τους ισχυρισμούς του και παρέπεμψε το θέμα στην Ολομέλεια για την οριστική απόφαση. Το Δεκέμβριο του 2009 η Ολομέλεια του Αρείου Πάγου τάχθηκε υπέρ της επανάληψης της «δίκης των έξι», σε διάσκεψη κεκλεισμένων των θυρών, κάνοντας δεκτή εισήγηση του αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου, Αθανασίου Κονταξή. Τον Οκτώβριο του 2010 το ανώτατο δικαστήριο έκρινε αθώους τους καταδικασθέντες, κάνοντας δεκτή την αίτηση του Μιχάλη Πρωτοπαπαδάκη. Ο Γιώργος Μαυρογορδάτος θεωρεί ότι οι εκτελέσεις των έξι διαδραμάτισαν καθοριστικό ρόλο στην επιβίωση του αντιβενιζελισμού και του Λαϊκού Κόμματος.