Στις 8 Μαρτίου 1970, ο Αρχιεπίσκοπος Μακάριος Γ και Πρόεδρος της Κυπριακής Δημοκρατίας, ετοιμαζόταν για αναχώρηση από την Αρχιεπισκοπή. Είχε προγραμματισμένο να μεταβεί στην Ιερά Μονή Μαχαιρά για να παραστεί το μνημόσυνο του Γρηγόρη Αυξεντίου.
Εκείνο το πρωί της Κυριακής, ο Ταγματάρχης Παπαδογιάννης Ζαχαρίας, απογείωσε το ελικόπτερο από την αυλή της Αρχιεπισκοπής. Ξαφνικά, δέχεται τις πρώτες σφαίρες από ομάδα ανθρώπων οι οποίοι βρίσκονταν στην ταράτσα του Παγκυπρίου Γυμνασίου ακριβώς απέναντι από το κτήριο της Αρχιεπισκοπής. Οι σφαίρες γάζωσαν τον πιλότο, τραυματίζοντάς τον σοβαρά στην κοιλιακή χώρα.
Δεν έχασε όμως το κουράγιο του…
Άριστος χειριστής του ελικοπτέρου καθώς είναι, πραγματοποιεί κάποιους ελιγμούς και καταφέρνει να προσγειωθεί σε παρακείμενο χώρο. Μόλις προσγειώθηκαν, ο πιλότος του προεδρικού ελικοπτέρου μεταφέρθηκε εσπευσμένα στο Γενικό Νοσοκομείο, συνοδεία του Προέδρου Μακαρίου....
Για την απόπειρα δολοφονίας κατηγορήθηκαν τέσσερα άτομα: ΑδάμοςΧαρίτωνος, Αντώνης Γεναγρίτης, Αντώνης Σολομώντος, Γιώργος Ταλιαδώρος. Μετά από ένα κύκλο ανακρίσεων, οι υποψίες στράφηκαν εναντίον του Πολύκαρπου Γιωρκάτζη ως εμπνευστή της απόπειρας. Μέχρι σήμερα δεν έχουν βρεθεί στοιχεία που να ενοχοποιούν τον Γιωρκάτζη, οπότε και παρέμεινε ασύλληπτος....
Σε συνέντευξή του στο Αθηναϊκό Βήμα δήλωσε:
«Ο ψίθυρος αυτός και οι διάφορες άλλες συκοφαντίες που διασπείρονται, είναι κατασκευάσματα λίγων ανθρώπων, μερικοί από τους οποίους αποσκοπούν με αυτά να αποκομίσουν πολιτικά οφέλη και άλλοι για να πολιορκήσουν ασφυκτικά τον Μακάριο με την επίδειξη υπερβολικού ζήλου… Πιστεύω όμως ακράδαντα, ότι κανένας λογικός άνθρωπος, αφού αναλύσει αντικειμενικά τις καταστάσεις, δεν μπορεί να πιστέψει στον κακόβουλο ψίθυρο και στην συκοφαντική εκστρατεία…»....
Ακολούθως, προσπάθησε να φύγει από την Κύπρο αλλά συνελήφθη στο Αεροδρόμιο Λευκωσίας. Λέγεται πως είχε πάει σε εκείνο το σημείο προκειμένου να συναντήσει τον διοικητή των ΛΟΚ, Δημήτρη Παπαποστόλου, όργανο της ελληνικής Χούντας. Στις 14 Μαρτίου ο Πολύκαρπος Γιωρκάτζης είχε πει πως «είμαι πραγματικά πολύ ξεχειλισμένος από πικρία και αγανάκτηση για ότι μου συμβαίνει και για ότι λέγεται σε βάρος μου για την απόπειρα κατά της ζωής του Αρχιεπισκόπου, για την οποία καμιά απολύτως ανάμειξη δεν έχω και την οποία καταδικάζω». Μία μέρα μετά βρέθηκε δολοφονημένος.