Στις 21 Ιουνίου του 1824 η Επανάσταση γνώρισε μία από τις χειρότερες στιγμές της. Τούρκοι στρατιώτες αποβιβάστηκαν στο νησί των Ψαρών και το κατέστρεψαν ολοκληρωτικά. Περισσότεροι από τους μισούς κατοίκους του νησιού (συνολικός πληθυσμός 30.000) σκοτώθηκαν, ενώ οι υπόλοιποι αιχμαλωτίσθηκαν η έγιναν πρόσφυγες.
Κατά τα πρώτα χρόνια της Επαναστάσεως οι προσπάθειες των Τούρκων να την καταστείλουν είχαν βασικά περιορισθεί στην ξηρά. Ο σουλτάνος με τους συμβούλους του, μέχρι το 1824, δεν είχε δώσει καμία διαταγή για σοβαρή επιθετική δράση εναντίον των νησιών του Αιγαίου. Το γεγονός αυτό είναι αρκετά παράξενο γιατί ήταν φυσικότερο να επιτεθούν οι Τούρκοι πρώτα εναντίον των ναυτικών νησιών, και μάλιστα της Ύδρας.
Αυτό αποδεικνύει πως το εχθρικό στρατηγείο δεν εκτιμούσε σωστά τη σημασία των ναυτικών νησιών και πίστευε ότι σύντομα θα κατέπνιγε την Επανάσταση με εκστρατείες στην ξηρά. Από το άλλο μέρος τα κατορθώματα των πυρπολικών των Ελλήνων είχαν ενσπείρει τον τρόμο στον δυσκίνητο εχθρικό στόλο. Εξάλλου οι οργανωμένες και άριστα εκτελεσμένες επιδρομές των ψαριανών πλοίων στα παράλια της Μικράς Ασίας είχαν προκαλέσει ανησυχίες στην Κωνσταντινούπολη καθώς και την έντονη αντίδραση των προξένων των ευρωπαϊκών κρατών στη Σμύρνη.
Τον Δεκέμβριο μάλιστα του 1823 οι πρόξενοι είχαν στείλει δριμύ έγγραφο προς τους προκρίτους των Ψαρών απαιτώντας άμεση κατάπαυση των επιθέσεών τους. Η αντίδραση των Ψαριανών, στο απειλητικό αυτό έγγραφο, ήταν μια γενναία αρνητική απάντηση, με την οποία όχι μόνο δεν δέχονταν να σταματήσουν τη δράση τους, αλλά απαιτούσαν να τους πληρώνει η Τουρκία φόρο, αν ήθελε να απαλλαγεί από τις καταστροφικές επιδρομές τους.
Ο Ψαριανός ναύαρχος Κ. Νικόδημος αναφέρει στο «Υπόμνημα της νήσου των Ψαρών» ότι ο σουλτάνος εξοργισμένος για τις ενέργειες των τολμηρών Ελλήνων ναυτικών, όταν είδε στον χάρτη το μικρό στίγμα, που αντιπροσώπευε τα Ψαρά, αποφάσισε την ολοκληρωτική καταστροφή τους. Έδωσε αμέσως διαταγή να ετοιμασθεί μεγάλη μοίρα του στόλου του και να καταστρέψει το μικρό σε έκταση αλλά δραστήριο νησί.
Ήδη από τις αρχές Ιανουαρίου του 1824 η ελληνική κυβέρνηση είχε πληροφορίες για την έντονη προετοιμασία του εχθρικού στόλου. Ενώ, το δεύτερο δεκαπενθήμερο του Μαΐου είχε γίνει πια φανερό ότι ο τουρκικός στόλος θα στρεφόταν εναντίον των Ψαρών. Ισχυρή μοίρα είχε πλεύσει στη Μυτιλήνη, όπου κατέφθαναν συνεχώς νέες ενισχύσεις σε στρατεύματα από τη Μικρά Ασία.
Στα Ψαρά τότε, εκτός τις 7.000 ντόπιους κατοίκους, είχαν καταφύγει και 23.000 περίπου πρόσφυγες από τα γύρω ελληνικά παράλια καθώς και από τη Χίο, τα Μοσχονήσια και άλλα μέρη, αναζητώντας καταφύγιο και προστασία από τους Ψαριανούς. Ανάμεσα σ’ αυτούς συγκαταλέγονταν και πάνω από 1.000 Θεσσαλοί και Μακεδόνες πολεμιστές που τους είχαν μισθώσει οι Ψαριανοί για να ενισχύσουν την πολεμική τους δύναμη.
Στις 8 Ιουνίου, ημέρα Κυριακή, συγκεντρώθηκαν όλοι οι παράγοντες του νησιού στον ναό του αγίου Νικολάου και τελικά αποφάσισαν πως δεν τους έμενε άλλη διέξοδος παρά η άμυνα στην ξηρά∙ πήραν την «λεωνίδειον απόφασιν να πολεμήσουν τον εχθρόν υπέρ των όλων». Έτσι για να ενισχύσουν την άμυνά τους μετέφεραν τα κανόνια των πλοίων τους σε όποιες θέσεις έκριναν πιο κατάλληλες. Και, για να αποκλείσουν κάθε δυνατότητα φυγής σε όλους, αποφάσισαν να αφαιρέσουν και αυτά τα πηδάλια των πλοίων.
Στις 20 Ιουνίου «ο τηλέγραφος ύψωσε σήματα», ότι ο εχθρικός στόλος είχε εγκαταλείψει το Σίγρι της Μυτιλήνης, με πορεία προς τα Ψαρά. Οι πηγές δεν συμφωνούν στον ακριβή αριθμό των πλοίων των Τούρκων. Ο Villeneuve, στην επίσημη έκθεσή του προς τον αρχηγό της γαλλικής ναυτικής μοίρας, αναφέρει 180 περίπου, ο Raffenel, υπάλληλος ως τότε του γαλλικού προξενείου της Σμύρνης και πραγματικός φιλέλληνας, τον ανεβάζει σε 200 και ο Νικόδημος σε 235 και παραπάνω, που τον αποτελούσαν 2 δίκροτα, 5-6 φρεγάτες και ανεξακρίβωτος αριθμός από κορβέτες, κανονιοφόρους καθώς και πολλά μεταγωγικά.
Τις πρώτες εσπερινές ώρες μέρος του στόλου πλησίασε προς τον Κάναλο και άρχισε να κανονιοβολεί τα εκεί στημένα πυροβολεία, που απάντησαν με σφοδρό αλλά «όλως τυχαίον» κανονιοβολισμό. Η πρώτη προσπάθεια για απόβαση στρατού απέτυχε, όπως και εκείνη που επιχειρήθηκε τα ξημερώματα της 21ης Ιουνίου. Ο μεγάλος αριθμός των υπερασπιστών στο σημείο εκείνο της κορυφογραμμής των βράχων του Κανάλου, εμπόδισε την απόβαση και προκάλεσε σοβαρές καταστροφές στις βάρκες με τον στρατό.
Κι ενώ μαινόταν η μάχη στον Κάναλο, που όπως φαίνεται ήταν παραπλανητική ενέργεια του Χοσρέφ, δόθηκε διαταγή να κατευθυνθούν πλοιάρια με στρατό ανατολικότερα, προς τον κάβο του Μαρκάκη, όπου στον μικρό όρμο Ερινό, που τον φρουρούσε μικρή ελληνική δύναμη, κατόρθωσε με δεξιοτεχνία να αποβιβάσει γύρω στις 3.000 στρατό, εξουδετερώνοντας τη φρουρά. Η ισχυρή δύναμη των Ελλήνων που υπερασπιζόταν τον Κάναλο βρέθηκε ξαφνικά ανάμεσα σε δύο πυρά. Έτσι, έπειτα από τέσσερις ώρες απεγνωσμένης άμυνας οι περισσότεροι Ψαριανοί έπεσαν ή πληγώθηκαν, αφού όμως σκότωσαν πλήθος εχθρών.
Οι Τούρκοι, χωρίς καμία αντίσταση αποβίβαζαν συνέχεια στρατό, γύρω στους 10.000 άνδρες. Το μεγαλύτερο μέρος προχώρησε προς τη Χώρα και το άλλο προς το Φτελιό, που έγινε τόπος δεύτερης δραματικής μάχης. Τρεις εχθρικές εφορμήσεις αποκρούσθηκαν εκεί από τους Έλληνες, που μάχονταν μονάχα με τα ελαφρά τους όπλα, σκορπίζοντας τον θάνατο στους εχθρούς. Και οι Ψαριανοί όμως είχαν μεγάλες απώλειες. Όσοι απέμειναν συνέχισαν τη μάχη και όταν οι εχθροί τους περικύκλωσαν έγραψαν τον επίλογο της ηρωικής αντιστάσεώς τους με την ανατίναξη της πυριτιδαποθήκης.
Η εχθρική δύναμη που βάδιζε προς τη Χώρα, αφού εξουδετέρωσε όσους Έλληνες έσπευδαν να ενισχύσουν τους υπερασπιστές του Κάναλου, μπήκε στην πόλη από πολλά σημεία. Η αντίσταση ήταν απεγνωσμένη και σταματούσε μόνο όταν και ο τελευταίος νησιώτης έπεφτε νεκρός, παρασύροντας στο θάνατο και αρκετούς εχθρούς.
Όταν ολοκληρώθηκε η κατάληψη και η καταστροφή της πόλεως, ο Χοσρέφ διέταξε τα στρατεύματά του να κυριεύσουν και το Παλαιόκαστρο. Από την αρχή της Επαναστάσεως το Παλαιόκαστρο είχε οχυρωθεί από τους Ψαριανούς που κατεδαφίζοντας τον περίβολο δύο εκκλησιών είχαν υψώσει ισχυρό τείχος πέντε μέτρων και είχαν μετατρέψει την τοποθεσία σε πραγματικό φρούριο. Νότια των εκκλησιών είχε κατασκευασθεί μεγάλη πυριτιδαποθήκη και σε άλλη θέση υπήρχε και δεύτερη μικρότερη.
Οι Τούρκοι είχαν ανασυνταχθεί για τη μεγάλη επίθεση. Όλα τα αγκυροβολημένα πλοία άρχισαν ισχυρό κανονιοβολισμό εναντίον του φρουρίου και τα ελληνικά πυροβολεία απάντησαν έντονα. Ο Raffenel αναφέρει ότι κατά το διάστημα του πρώτου κανονιοβολισμού και από τα δύο μέρη, βάδιζε προς το Παλαιόκαστρο η μεγάλη πορεία με τα γυναικόπαιδα που προτίμησαν το φρούριο σαν τόπο σωτηρίας.
Ισχυρά στρατεύματα περικύκλωσαν το φρούριο αλλά δεν τολμούσαν να πλησιάσουν, γιατί τα κρατούσαν σε απόσταση τα πυροβολεία των Ψαριανών. Τη νύχτα σταμάτησε η επίθεση. Αλλά οι έγκλειστοι δεν είχαν πια καμιά ψευδαίσθηση. Μέσα στο φρούριο βρίσκονταν 84 Ψαριανοί και 45 Θεσσαλομακεδόνες με τους οπλαρχηγούς Ράδο και Άγγελο. Τη νύχτα έφτασαν ακόμη 20 στρατιώτες από άλλα μέρη. Ο αριθμός των γυναικόπαιδων δεν είναι γνωστός.
Την επόμενη μέρα, 22 Ιουνίου 1824, η μάχη άρχισε άγρια και από τα δύο μέρη. Οι αλλεπάλληλες επιθέσεις των Τούρκων αποκρούσθηκαν με τρομερές απώλειες γι’ αυτούς. Ο Χοσρέφ, βλέποντας την αντίσταση και θέλοντας να καταλάβει το φρούριο την ίδια ημέρα, διέταξε να αποβιβασθεί από τα πλοία και άλλος στρατός. Η πρώτη μεγάλη έφοδος αποκρούσθηκε από τους Έλληνες, με φοβερές απώλειες των Τούρκων. Το ίδιο και η δεύτερη. Η επίθεση συνεχίστηκε όλη την ημέρα. Στις 6 το απόγευμα η μεγάλη δύναμη των τουρκικών στρατευμάτων κατόρθωσε να πλησιάσει το φρούριο. Οι Ψαριανοί και οι Θεσσαλομακεδόνες, σε μια ύστατη προσπάθεια, πύκνωσαν τον κανονιοβολισμό. Η ασταμάτητη χρήση των πυροβόλων όμως έφερε τη φυσική φθορά. Πολλά είχαν αχρηστευθεί.
Στις 6.30, το απόγευμα της ίδιας ημέρας, οι εχθροί όρμησαν προς το τείχος και αναρριχήθηκαν ως την κορυφή του, με άγριους αλαλαγμούς. Τούρκοι και Έλληνες αγωνίζονταν σώμα με σώμα. Οι δύο ελληνικές σημαίες κυμάτιζαν ακόμη στην έπαλξη του τείχους, όταν ο Αντώνιος Βρατσάνος έβαλε φωτιά στην πυριτιδαποθήκη. Η έκρηξη ήταν τρομακτική. Την ίδια ώρα, ο αρχιφύλακας του κανονιοστασίου Σιδέρης ανατίναξε τη μικρότερη πυριτιδαποθήκη, συμπληρώνοντας την καταστροφή. Κανένας από όσους είχαν κλεισθεί στο Παλαιόκαστρο δεν έζησε. Όσοι δεν σκοτώθηκαν από την ανατίναξη έπεσαν από τα κτυπήματα του εχθρού. Η θυσία ήταν ολοκληρωτική.
«Έπεσαν τα Ψαρά και η Ελλάς εκλονίσθη», αλλά αργά. Ο σουλτάνος δεν είχε δώσει εντολή να υποταχθούν και κυριευθούν τα Ψαρά, αλλά να εξαφανισθούν. Και ο Χοσρέφ εκπλήρωσε την εντολή. Από τους 7.000 κατοίκους του νησιού οι 4.000 περίπου σκοτώθηκαν. Όταν, μετά τη συμφορά, καταμετρήθηκαν οι επιζώντες Ψαριανοί βρέθηκαν 3.614. Από τους 25.000 περίπου πρόσφυγες, μονάχα οι 10.000 σώθηκαν, οι υπόλοιποι σφαγιάστηκαν ή σκοτώθηκαν. Η σημαία των Τούρκων, που υψώθηκε την εσπέρα της 22ας Ιουνίου στο Παλαιόκαστρο, στήθηκε επάνω στη στάχτη των Ψαρών, στους νεκρούς υπερασπιστές τους και στα πτώματα χιλιάδων Τούρκων στρατιωτών.
[Τα ιστορικά στοιχεία έχουν αντληθεί από τον ΙΒ΄ τόμο της Ιστορίας του Ελληνικού Έθνους, της Εκδοτικής Αθηνών]
Ο εθνικός ποιητής Διονύσιος Σολωμός θρήνησε με το παρακάτω ποίημα τη μεγάλη καταστροφή
Η καταστροφή των Ψαρών:
«Στων Ψαρών την ολόμαυρη ράχη
Περπατώντας η Δόξα μονάχη
Μελετά τα λαμπρά παλληκάρια
Και στην κόμη στεφάνι φορεί
Γεναμένο από λίγα χορτάρια
Που είχαν μείνει στην έρημη γη».
Διονυσίου Σολωμού. Άπαντα, τόμ. 1,
Ποιήματα, Αθήνα 1993, στ' έκδοση, σ. 139.