Τα τελευταία χρόνια ορισμένα γεγονότα,με επίκεντρο το ναό της Αγίας Σοφίας και με αποκορύφωμα την απροσδόκητη εμφάνιση τον Ιούλιο 2009 του εξαπτέρυγου Άγγελου στον Τρούλο, ο οποίος είχε καλυφθεί με ασβέστη πριν 160 χρόνια, έχουν προκαλέσει ένα ιδιαίτερο ενδιαφέρον.
Το γεγονός αυτό, μάλιστα είχε αποκαλύψει πρώτη η εφημερίδα Hurriyet,ενώ η εφημερίδα Milliyet αναφερόμενη στο γεγονός έκανε και νύξεις «για σημαδιακή εμφάνιση μέσα στον ιστορικό ναό της Αγίας Σοφίας που ίσως έχει και άλλες προεκτάσεις….»
Eνα ακόμη ασυνήθιστο, αλλά ταυτόχρονα και ανεξήγητο φαινόμενο που παρουσιάζεται στον μεγαλοπρεπή ναό από το καλοκαίρι του 2008,είναι η εμφάνιση βυζαντινών σταυρών στις αψίδες του τρούλου επάνω στον ασβέστη του σοβά με τον οποίο ήταν καλυμένοι εδώ και εκατοντάδες χρόνια.Το παράδοξο είναι ότι δεν φαίνονται με γυμνό μάτι αλλά αποτυπώνονται με τον φωτογραφικό φακό.Υπ’όψη ότι σε όλους τους τοίχους του ναού υπάρχουν σοβαντισμένοι σταυροί,αλλά το φαινόμενο εμφανίζεται μόνον στους υπάρχοντες στις αψίδες του τρούλου.
Ένας άλλος σημαντικός θρύλος, είναι εκείνος του «Κρυμμένου Πατριάρχη», ο οποίος μάλιστα μοιάζει με τον Ελληνικό θρύλο για τον κρυμμένο παπά. Όπως αναφέρει η τουρκική παράδοση, στο νότιο μέρος του ναού υπάρχει ένας στενός διάδρομος που οδηγεί σε μια παμπάλαια αραχνιασμένη και πολύ μυστήρια πύλη την οποία ο θρύλος αναφέρει ως την «Κλειστή Πύλη». Σύμφωνα με τις τουρκικές αναφορές, όταν ο Μωάμεθ ο Β’ Πορθητής μπήκε στην Κωνσταντινούπολη ο τελευταίος ελληνορθόδοξος Πατριάρχης μαζί με τους συνοδούς του τελούσε στο σημείο αυτό Θεία Λειτουργία. Μόλις οι οθωμανικές ορδές εισέβαλαν στον ναό, ο Πατριάρχης και όλη η συνοδεία του εισήλθε μέσα στην πύλη αυτή, η οποία έκλεισε και από τότε χάθηκαν, ενώ η πύλη έμεινε ερμητικά κλειστή και κανένας δεν τόλμησε ποτέ να την ανοίξει. Μάλιστα, λέγεται ότι κάθε χρόνο στην Ανάσταση των ορθόδοξων χριστιανών,μπροστά από την πύλη αυτή, εμφανίζονται…. κόκκινα αυγά!!!
Ο θρύλος, μάλιστα, συμπληρώνεται από την προφητεία, ότι όταν η πύλη αυτή ανοίξει, στον ναό θα ακουστούν ξανά οι χριστιανικές ελληνορθόδοξες ψαλμωδίες…