7 Μαϊου 558: Καταρρέει ο τρούλος της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη. Ο Ιουστινιανός Α´ διατάσσει την ανακατασκευή του.
Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του, προσπάθησε να αναβιώσει το μεγαλείο της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας και να ανακαταλάβει το απολεσθέν δυτικό μισό της ιστορικής Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας.
Η βασιλεία του Ιουστινιανού αποτελεί μία ξεχωριστή εποχή στην ιστορία της ύστερης Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας και χαρακτηρίζεται από τη φιλόδοξη αλλά μόνο εν μέρει υλοποιημένη αποκατάσταση της αυτοκρατορίας.
Ήταν μία από τις σημαντικότερες προσωπικότητες της ύστερης αρχαιότητας και ενδεχομένως ο τελευταίος Ρωμαίος αυτοκράτορας που μιλούσε τα λατινικά ως πρώτη γλώσσα.
Στο σημείο όπου ανεγέρθηκε η Αγία Σοφία υπήρχε εκκλησία χτισμένη επί Κωνσταντίνου Α΄ και Κωνσταντίνου Β΄, η οποία όμως καταστράφηκε.
Αρχιτέκτονες του νέου ναού της Αγίας Σοφίας ήταν οι Ανθέμιος από τις Τράλλεις και ο Ισίδωρος από τη Μίλητο.
Η κατασκευή του ολοκληρώθηκε σε μικρό χρονικό διάστημα (532 – 537) και τα εγκαίνιά του τελέστηκαν στις 27 Δεκεμβρίου του 537.
Είκοσι χρόνια μετά τα πρώτα εγκαίνια, εξαιτίας των σεισμών του 557, ο τολμηρότατος στη σύλληψη και κατασκευή, για την εποχή του, θόλος κατέπεσε και συνέτριψε την αψίδα παρά τον ιερό άμβωνα, τον ίδιο τον άμβωνα, το κιβώριο και την Αγία Τράπεζα.
O ανιψιός του Ισιδώρου, ο Ισίδωρος ο νεότερος, ανέλαβε και έκτισε το νέο θόλο που υφίσταται μέχρι σήμερα.
Μια περιγραφή του παραδίδεται από τον ιστορικό Αγαθία, από την οποία συμπεραίνεται πως ο αρχικός τρούλος ήταν μάλλον ευρύτερος και χαμηλότερος από το δεύτερο.
Στις 24 Δεκεμβρίου του 563 υπό τον Πατριάρχη Ευτύχιο τελέστηκαν τα δεύτερα εγκαίνια παρουσία του Αυτοκράτορα και του λαού της Κωνσταντινούπολης.
Ο ναός αποτέλεσε σε όλη τη διάρκεια της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας την έδρα του Οικουμενικού Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως και υπήρξε ο σημαντικότερος ναός της Ορθόδοξης εκκλησίας.
Κατά την περίοδο των Σταυροφοριών και συγκεκριμένα κατά την περίοδο 1204-1261 ο ναός έγινε Ρωμαιοκαθολικός και μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453 μετατράπηκε σε μουσουλμανικό τέμενος.
Ειδικότερα και κατά την διάρκεια της άλωσης από τους Φράγκους, η Αγία Σοφία υπέστη τεράστιες ζημιές.
Επίσης κατά την περίοδο την Οθωμανικής Αυτοκρατορίας έγιναν στο ναό σημαντικές καταστροφές στις τοιχογραφίες του ναού (ασβεστώθηκαν), αφού η απεικόνιση του ανθρώπινου σώματος θεωρείται βλασφημία για το Ισλάμ.
Ο ναός με την σπουδαία αρχιτεκτονική του αποτέλεσε πρότυπο για την κατασκευή και άλλων τεμενών, όπως το Μπλε Τζαμί.
To 1934 o Μουσταφά Κεμάλ, στα πλαίσια του εκσυγχρονισμού της Τουρκίας, μετέτρεψε το τέμενος σε μουσείο.