Η ιστορία της Επανάστασης του 1821 δεν είναι συνυφασμένη μόνο με τους οπλαρχηγούς της Πελοποννήσου και της Στερέας και τις τρομερές επιτυχίες τους στην ηπειρωτική Ελλάδα, αλλα είναι εξίσου με τους νησιώτες Επαναστάτες και τους θρυλικούς Στόλους τους και τις μεγάλες επιδρομές και ναυμαχίες τους.
Την Κυριακή των Βαΐων, 3 Απριλίου 1821, οι Σπέτσες μπήκαν στον αγώνα της Επανάστασης, πρώτοι από όλα τα νησιά. Τα ξημερώματα, πριν τη λειτουργία στον Άγιο Νικόλαο, οι νεότεροι ξήλωσαν τα Τουρκικά εμβλήματα από το διοικητήριο στη Ντάπια (που κατόπιν έγινε Δημαρχείο και ύστερα Λιμεναρχείο).
Tην προηγούμενη μέρα, αργά το Σάββατο του Λαζάρου, στο σπίτι του Γεωργίου Πάνου, οι πρόκριτοι των Σπετσών έκαναν σύσκεψη για μία ακόμη φορά, συζητώντας αν θα έπρεπε να περιμένουν τους Υδραίους.
Αυτή τη φορά όμως οι νεότεροι δεν περίμεναν άλλο και πήρων την κατάσταση στα χέρια τους. Αφού διαμαρτυρήθηκαν με φωνές έξω από το σπίτι του Πάνου αποδοκιμάζοντας την κωλυσιεργία των γερόντων, κατέβηκαν ξημερώματα των Βαΐων στο κτήριο της καγκελαρίας που ήταν στο λιμάνι, κατέβασαν από τους εξώστες τα τουρκικά εμβλήματα και ύψωσαν άλλα, που έφεραν το σημείο του σταυρού. Κόσμος πολύς μαζεύτηκε έξω από την Καγκελαρία φωνάζοντας: «Ζήτω το Γένος!» . Οι Σπέτσες είχαν «μπει» στον Αγώνα της Ανεξαρτησίας των Ελλήνων.
Όταν άρχισε η Επανάσταση του 1821, οι Σπέτσες ήταν το πρώτο από τα τρία μεγάλα ναυτικά νησιά (Ύδρα, Σπέτσες, Ψαρά), που ύψωσε το λάβαρο της Επανάστασης, στις 3 Απριλίου του 1821 μετά τη Δοξολογία στον Ναό του Αγίου Νικολάου.
Συγκρότησαν τοπική διοίκηση και αποφάσισαν να γνωστοποιήσουν τα γεγονότα στην Ύδρα, τα Ψαρά και σε όλα τα μέρη με τα οποία οι Σπέτσες βρίσκονταν σε επικοινωνία.
Ταυτόχρονα ο Σπετσιώτικος στόλος ανέλαβε και πέτυχε τον αποκλεισμό δύο σπουδαίων φρουρίων της πελοποννησιακής ακτής της Μονεμβασιάς, υπό την αρχηγία του Γ. Πάνου και του Ναυπλίου με αρχηγό τη Λασκαρίνα Μπουμπουλίνα.
Τα κάστρα αυτά ήταν πραγματικά απόρθητα στις επιθέσεις από ξηρά. Ο μόνος τρόπος για να «πέσουν» ήταν ο θαλάσσιος αποκλεισμός ώστε να σταματήσει η τροφοδοσία τους από τα τουρκικά και συμμαχικά προς αυτούς πλοία.
Με τις ενέργειες αυτές των Σπετσιωτών επιταχύνεται η προσχώρηση στην Επανάσταση της Ύδρας και των Ψαρών. Συγχρόνως ο στόλος των Σπετσών βύθισε και κυρίεψε τουρκικά πλοία στο Αιγαίο και ενίσχυσε τον αγώνα του Έθνους με τον αποκλεισμό λιμανιών και τη μεταφορά εφοδίων.
Τον Ιούλιο του 1821, Σπετσιώτικα πλοία καταναυμάχησαν κοντά στη Σάμο και πυρπόλησαν μέρος του τουρκικού στόλου και λίγο αργότερα κατόρθωσαν να αποκρούσουν ισχυρό τουρκικό στόλο στον όρμο των Κιτριών της Μάνης.
Στις 23 Ιουλίου του 1821 παραδόθηκε η Μονεμβασιά ύστερα από 4μηνη πολιορκία κατά την οποία οι Σπετσιώτες αγωνίστηκαν ηρωικά.
Και στην άλωση της Τριπολιτσάς οι Σπετσιώτες έπαιξαν επίσης σπουδαίο ρόλο. Έλαβαν μέρος από την αρχή στην πολιορκία της πόλεως και κατά την ημέρα της Άλωσης – 23 Σεπτεμβρίου του 1821 – οι Σπετσιώτες πρώτοι από όλους τους Έλληνες πολιορκητές έφτασαν στα τείχη της πόλης.
Μετά την καταστροφή του Δράμαλη από τον Κολοκοτρώνη στα Δερβενάκια ο αγώνας για τους τούρκους στην Πελοπόννησο είχε κριθεί. Ελάχιστα ήταν τα φρούρια που πρόβαλλαν αντίσταση και μεταξύ αυτών το περίφημο φρούριο του Παλαμηδίου στο Ναύπλιο.
Το φρούριο αυτό το πολιορκούσε από τη ξηρά ο Δημήτρης Υψηλάντης και από τη θάλασσα η Λασκαρίνα Μπουμπουλίνα με τους Σπετσιώτες να δείχνουν γενναιότητα, αυτοθυσία και να προσπαθούν με τις βάρκες τους και κάτω από καταιγισμό κανονιοβολισμών να αποβιβαστούν και να καταλάβουν το απόρθητο κάστρο.
Ο Τουρκικός στόλος σε μια ύστατη προσπάθεια να ανεφοδιάσει το Ναύπλιο έπλευσε προς τον Αργολικό Κόλπο με σχέδιο να επιτεθεί πρώτα εναντίον των Σπετσών και ύστερα κατά της Ύδρας.
Ο Μέξης ανέλαβε την άμυνα του νησιού μαζί με τα παιδιά του, τους συγγενείς του και 30 άλλους Σπετσιώτες πολεμιστές στήνοντας στο νησί τρία κανονιοστάσια και φροντίζοντας να απομακρύνει τα γυναικόπαιδα από το νησί, μεταφέροντας τα στην Ύδρα, που θεωρούνταν δυσπρόσιτη εξαιτίας του απόκρημνου εδάφους της.
Στις 8 Σεπτεμβρίου τα εχθρικά πλοία εμφανίστηκαν μπροστά από τις Σπέτσες και συγκεκριμένα στην περιοχή ανάμεσα στα νησιά Τρίκερι και Σπετσοπούλα.
Ο άνεμος που ήταν βορειοανατολικός την ημέρα εκείνη ευνοούσε τον εχθρικό στόλο και ο Ελληνικός στόλος αποτελούμενος από Σπετσιώτικα, Υδραίικα και Ψαριανά πλοία με αρχηγό τον Ναύαρχο Ανδρέα Μιαούλη, θέλησε να κινηθεί προς το μυχό του Αργολικού κόλπου σε μια προσπάθεια να παρασύρει εκεί τα εχθρικά πλοία και να τα καταναυμαχήσει.
Ο Μιαούλης ύψωσε και το σχετικό σήμα, ώστε ο στόλος να τον ακολουθήσει. Την ίδια στιγμή όμως οι Σπέτσες έμεναν ανυπεράσπιστες. Τότε οι Σπετσιώτες πλοίαρχοι Ι. Τσούπας, Δ. Λάμπρου και Ι. Κούτσης μαζί με τον Υδραίο πλοίαρχο Α. Κριεζή δεν υπάκουσαν στις διαταγές του ναύαρχου Μιαούλη και επιτέθηκαν στους τούρκους αν και η υπεροχή του τουρκικού στόλου σε αριθμό, μέγεθος και οπλισμό ήταν μεγάλη.
Λίγο αργότερα και άλλοι Σπετσιώτες πλοίαρχοι ενώθηκαν με τους πρώτους στην προσπάθεια να απωθήσουν τον εχθρό και παρά τον αντίθετο άνεμο, κατέφθασαν και άλλα Ελληνικά πλοία.
Η ναυμαχία συνεχίστηκε μέχρι τις απογευματινές ώρες και ο θόρυβος από τις εκπυρσοκροτήσεις των πυροβόλων των 140 και πλέον πλοίων που έπαιρναν μέρος στη ναυμαχία ήταν τόσο μεγάλος, ώστε σειόταν το έδαφος της Ύδρας.
Ο χώρος μεταξύ Ύδρας και Σπετσών είχε καλυφτεί με τόσο καπνό ώστε οι Υδραίοι νόμισαν πως καιγόντουσαν οι Σπέτσες. Η στιγμή ήταν πολύ κρίσιμη και η χρήση των πυρπολικών ήταν δύσκολη λόγω του πυκνού καπνού που κάλυπτε τα πάντα, αν και ο Υδραίος πυρπολητής Πιπίνος είχε ήδη χρησιμοποιήσει με επιτυχία το πυρπολικό του πάνω σε ένα αλγερινό βρίκι.
Την στιγμή αυτή εμφανίζεται ο Σπετσιώτης πυρπολητής Κοσμάς Μπαρμπάτσης, ατρόμητος, αποφασιστικός και με το μαχαίρι στο χερί πηδάει στη πρύμνη του πυρπολικού του παρασύρει με το θάρρος του το πλήρωμά του και μέσα σε πανδαιμόνιο κανονιοβολισμών εφορμά στο κέντρο του τουρκικού σχηματισμού με στόχο την ανάφλεξη της τουρκικής ναυαρχίδας.
Η τουρκική ναυαρχίδα αναφλέγεται και καταποντίζεται – όπως αναφέρει η παράδοση – μπροστά στο λιμάνι. Οι τούρκοι εκπλήσσονται από το θάρρος και την παράτολμη αυτή ενέργεια και αρχίζουν να υποχωρούν και έτσι ο τουρκικός στόλος λίγο αργότερα αφήνει τον Αργολικό Κόλπο.
Τον Ιούλιο του 1822 ο Σπετσιώτικος στόλος στάλθηκε στη Σούδα της Κρήτης εναντίον μοίρας του αιγυπτιακού στόλου, τον οποίο κατεδίωξε μέχρι τον Ελλήσποντο. Τον ίδιο χρόνο κατόρθωσαν να αποκρούσουν επίθεση του τουρκικού στόλου στο νησί τους.
Λόγω της έλλειψης ανεφοδιασμού, το Ναύπλιο παραδίδεται στους Ελληνες στις 30 Νοεμβρίου 1822. Τα επόμενα χρόνια οι Σπετσιώτες συνεχίζουν ακατάπαυστα τον αγώνα για την απελευθέρωση της Ελλάδος μέχρι την άφιξη του Καποδίστρια (1828). Διαπρέπουν κυρίως στις ναυμαχίες της Σάμου, Κω, Γέροντα και στον αγώνα της κατά θάλασσα στήριξης του στενά πολιορκούμενου Μεσολογγίου.