Η αποστολή αναχαίτισης δύο τουρκικών μαχητικών αεροσκαφών την Πέμπτη 12 Φεβρουαρίου έμελλε να είναι η τελευταία για τον σμηναγό Γιώργο Μπαλταδώρο.
Περίπου στις 11.30 το πρωί έλαβε εντολή απογείωσης από τη Σμηναρχία Μάχης της Σκύρου. Ο 34χρονος σμηναγός και ακόμη ένας ιπτάμενος της Πολεμικής Αεροπορίας, που ήταν σε κατάσταση επιφυλακής, έτρεξαν στα μονοθέσια Mirage 2000-5 και απογειώθηκαν με κατεύθυνση την περιοχή ανάμεσα στη Χίο και τη Λέσβο όπου τα ραντάρ της Πολεμικής Αεροπορίας είχαν εντοπίσει ένα ζεύγος τουρκικών μαχητικών αεροσκαφών. Φτάνοντας στην περιοχή όπου βρίσκονταν οι εισβολείς, διαπίστωσαν ότι τα τουρκικά μαχητικά είχαν επιστρέψει στο FIR της Κωνσταντινούπολης. Αφού διασταύρωσαν τις πληροφορίες με το Εθνικό Κέντρο Αεροπορικών Επιχειρήσεων, έλαβαν εντολή να επιστρέψουν στη Σκύρο.
Αερομαχία με τα τουρκικά μαχητικά, δεν υπήρξε. Δεν έγινε καν η διαδικασία της αναγνώρισης και της εικονικής αναχαίτισης των τουρκικών F-16, αφού οι πιλότοι τους απέφυγαν να διασταυρωθούν με τα ελληνικά αεροσκάφη επιφυλακής. Επιστρέφοντας στη Σκύρο, τα δύο μονοθέσια Mirage της 331 Μοίρας Παντός Καιρού πετούσαν σε χαμηλό ύψος, περίπου 3.000 πόδια, κινούμενα σχεδόν σε ευθεία γραμμή από τη Λέσβο προς το αεροδρόμιο διασποράς.
Προσεγγίζοντας τη βάση τους, τα δύο Mirage 2000-5 άρχισαν να κατεβαίνουν για να μπουν στην τελική διαδικασία της προσγείωσης. Φαινομενικά οι καιρικές συνθήκες ήταν καλές: επικρατούσαν ασθενείς, βόρειοι-βορειοανατολικοί άνεμοι 2 μποφόρ και η θερμοκρασία εδάφους ήταν 16 βαθμοί Κελσίου.
Ωστόσο, στην περιοχή επικρατούσε χαμηλή νέφωση. Από την ανασύνθεση των τελευταίων λεπτών πριν τη συντριβή του Mirage που πιλοτάριζε ο σμηναγός Μπαλταδώρος, προκύπτει ότι την ώρα που τα δύο μαχητικά κατέβαιναν, αντιμετώπισαν σύννεφα μαζί με υγρασία και θολούρα, μία μικτή κατάσταση που περιόριζε πολύ την ορατότητα.
Τότε ο σμηναγός Μπαλταδώρος, ως αρχηγός του σχηματισμού, έδωσε εντολή να κατεβούν χαμηλά, κάτω από τα σύννεφα. Κατεβαίνοντας, είχαν να αντιμετωπίσουν την πυκνή χαμηλή νέφωση, που σε πολλές περιπτώσεις στο παρελθόν έχει προκαλέσει στους πιλότους παραισθήσεις ή και απώλεια προσανατολισμού.
Πληροφορίες αναφέρουν ότι κάποια στιγμή στη διαδικασία της καθόδου, το δεύτερο Mirage του σχηματισμού έχασε την επαφή με το μαχητικό του σμηναγού Μπαλταδώρου. Εκείνη τη στιγμή ο δεύτερος πιλότος, λειτουργώντας όπως προβλέπουν οι κανονισμοί σε περίπτωση απώλειας επικοινωνίας με το άλλο μαχητικό του ζεύγους, τράβηξε το πηδάλιο για να ανέβει ψηλά ελπίζοντας ότι θα ανακτήσει οπτική επαφή και επικοινωνία με το Mirage του 34χρονου πιλότου που χάθηκε. Κάποιες πηγές αναφέρουν πως τη στιγμή που ο δεύτερος πιλότος του ανασχηματισμού τράβηξε το πηδάλιο για να ανέβει ψηλά, βρισκόταν σε ύψος 500 ποδών… Η απαγκίστρωση του δεύτερου Mirage, δηλαδή η έναρξη εκ νέου της ανοδικής πορείας, έγινε όταν το δεύτερο μαχητικό βρισκόταν σε ύψος μόλις 200 πόδια -περίπου 70 μέτρα- από την επιφάνεια της θάλασσας. Και αυτό διότι ένα μαχητικό που βρίσκεται σε διαδικασία ταχείας καθόδου, δεν ανακτά ύψος αμέσως μόλις ο χειριστής τραβήξει για να ανέβει.
Εκείνη την ώρα, 12.15 μεσημέρι Πέμπτης 12 Απριλίου, εκτιμάται ότι το μαχητικό του σμηναγού Μπαλταδώρου είχε προσκρούσει στην επιφάνεια της θάλασσας. Ο άτυχος 34χρονος δεν πρόλαβε να αναφέρει το παραμικρό σχετικά με την κατάσταση του αεροσκάφους ή την πορεία πτήσης του Mirage στον πύργο ελέγχου της Σκύρου.
Οι αξιωματικοί της Πολεμικής Αεροπορίας που έχουν αναλάβει τη διερεύνηση του ατυχήματος, θα αξιοποιήσουν όλα τα στοιχεία που προκύπτουν από τα συντρίμμια που έχουν περισυλλεγεί για να διακριβώσουν τα αίτια της πτώσης. Αυτή την ώρα δεν μπορεί να αποκλειστεί κανένα ενδεχόμενο, συμπεριλαμβανομένης της αιφνίδιας μηχανικής βλάβης.
Αμέσως μετά την απώλεια του στίγματος του πρώτου Mirage, ξεκίνησε η επιχείρηση έρευνας για τον εντοπισμό του αγνοούμενου πιλότου. Χρειάστηκαν περίπου τρεις ώρες μέχρι να βρεθούν τα συντρίμμια που επαλήθευαν τους χειρότερους φόβους των αξιωματικών της Πολεμικής Αεροπορίας.
Το Mirage 2000-5 του σμηναγού Μπαλταδώρου, το αεροσκάφος με σειριακό αριθμό 546 που είχε παραληφθεί το 2007 και είχε συμπληρώσει 800 ώρες πτήσεις, είχε συντριβεί στην επιφάνεια της θάλασσας σε απόσταση 9 ναυτικών μιλίων ΒΑ της Σκύρου.
Με απογοήτευση, τα πληρώματα των ελικοπτέρων Super Puma και Sikorsky που είχαν αναλάβει να εντοπίσουν τον πιλότο, βρήκαν μόνο την κάσκα του, κάποια τμήματα από το κιτ επιβίωσης, μεταξύ των οποίων τη σωσίβια λέμβο και άλλα στοιχεία τα οποία δεν άφηναν καμία αμφιβολία ότι ο Γιώργος Μπαλταδώρος ήταν νεκρός.