Σύμφωνα με τη μυθολογία όταν θεοί και Γίγαντες πολεμούσαν μεταξύ τους, ο Ποσειδώνας έκοψε ένα κομμάτι από την Κω και το εκσφενδόνισε στον Πολυβώτη. Ο βράχος πέτυχε τον στόχο του, καταπλάκωσε τον γίγαντα κι εκείνος έκτοτε προσπαθεί να τον ξεφορτωθεί φυσώντας και ξεφυσώντας. Ο βράχος αυτός, λοιπόν, είναι η Νίσυρος και οι καπνοί που αναδύονται από τους ηφαιστειακούς κρατήρες δεν είναι τίποτα άλλο από τα χνώτα του γίγαντα Πολυβώτη.
Η Νίσυρος αποτελεί ουσιαστικά μέρος του ηφαιστειακού τόξου της νότιας Ελλάδας στο οποίο οι πρώτες υποθαλάσσιες εκρήξεις έλαβαν χώρα πριν 150.000 χρόνια με την κύρια δραστηριότητα να εντοπίζεται περίπου 30.000 χρόνια πριν.
O κρατήρας Στέφανος (ο οποίος παλιότερα λεγόταν Μεγάλο Αλώνι ή Άκωλος) αποτελεί πόλο έλξης για τους τουρίστες και βρίσκεται μέσα σε μια καλδέρα 4 χιλιομέτρων στο κέντρο του νησιού. Η διάμετρος του κρατήρα είναι περίπου 300 μέτρα, έχει ελλειψοειδές σχήμα και το βάθος του φτάνει τα 27 μέτρα. Δεν είναι ωστόσο ο μοναδικός κρατήρας στο νησί ενώ λόγω της ηφαιστειακής δραστηριότητας, στο νησί υπάρχουν επίσης θερμές πηγές με θερμοκρασίες από 30 μέχρι 60 βαθμούς Κελσίου.
Η ακριβής ηλικία του κρατήρα δεν είναι σαφής. Ωστόσο, επειδή βρίσκεται μέσα σε σαθρά και μαλακά πετρώματα που διαβρώνονται εύκολα από τα καιρικά φαινόμενα δεν φαίνεται να είναι παλαιότερος από 3.000 με 4.000 χρόνια. Δίπλα από τον κρατήρα Στέφανο υπάρχει επίσης ένας μικρότερος ο οποίος λέγεται μικρός Στέφανος ή Ανδρέας.
