Το ζήτημα του ονόματος προέκυψε το 1991, όταν τα Σκόπια αποσχίστηκαν από την ομοσπονδιακή Γιουγκοσλαβία και ανακήρυξαν την ανεξαρτησία τους υπό το όνομα «Δημοκρατία της Μακεδονίας».
H Βουλή της τότε Σοσιαλιστικής Δημοκρατίας της Μακεδονίας στα Σκόπια, που προήλθε από τις εκλογές της 11ης Νοεμβρίου 1990, ψηφίζει τη διακήρυξη ανεξαρτησίας από την Ομοσπονδιακή Δημοκρατία της Γιουγκοσλαβίας και ο πανεπιστημιακός Νίκολα Κλιούσεφ αναλαμβάνει την πρωθυπουργία του νέου κράτους.
Άμεσα με συνταγματική τροποποίηση απαλείφει το Σοσιαλιστική από την ονομασία του γειτονικού κράτους και αυτοανακηρύσσεται σε «Δημοκρατία της Μακεδονίας».
Συγκεκριμένα η Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας ανακήρυξε την ανεξαρτησία της το 1991, βασίζοντας την ύπαρξη της ως ανεξάρτητο κράτος στην τεχνητή έννοια του «μακεδονικού έθνους», η οποία καλλιεργήθηκε συστηματικά μέσω της πλαστογράφησης της ιστορίας και της καπηλείας της αρχαίας Μακεδονίας, για λόγους καθαρής πολιτικής σκοπιμότητας.
Η Ελλάδα αντέδρασε έντονα στην υποκλοπή της ιστορικής και πολιτιστικής της κληρονομιάς και το θέμα ήλθε στο Συμβούλιο Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών, το οποίο με δύο αποφάσεις του συνιστά την εξεύρεση ταχείας διευθέτησης για το καλό των ειρηνικών σχέσεων και της καλής γειτονίας στην περιοχή.
Το 1991 πραγματοποιείται συνάντηση του Έλληνα Υπουργού Εξωτερικών Αντώνη Σαμαρά με τον Πρόεδρο της Σερβίας Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς στο Βελιγράδι. Αργότερα θα γίνει γνωστό ότι ο Μιλόσεβιτς πρότεινε κοινά σύνορα Σερβίας-Ελλάδας και ουσιαστικά διχοτόμηση της «Δημοκρατίας της Μακεδονίας», πρόταση που απέρριψε ο Σαμαράς.
Στις 3 Δεκεμβρίου του 1991 ο πρόεδρος Κίρο Γκλιγκόροφ ζητά διεθνή αναγνώριση της χώρας του ως «Δημοκρατία της Μακεδονίας» με επιστολή του προς τους ηγέτες όλων των κρατών του κόσμου.
FDSF
Την αμέσως επόμενη μέρα το Υπουργικό Συμβούλιο υπό τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη ασχολείται με το Μακεδονικό και καταλήγει σε τρεις όρους για την αναγνώριση της «Δημοκρατίας της Μακεδονίας»: α) Να αλλάξει η ονομασία «Μακεδονία», β) Να αναγνωρίσει ότι δεν έχει εδαφικές βλέψεις κατά της Ελλάδας και γ) Να αναγνωρίσει ότι στην Ελλάδα δεν υπάρχει «μακεδονική μειονότητα».
Η Βουλγαρία γίνεται η πρώτη χώρα που αναγνωρίζει την ΠΓΔΜ με το συνταγματικό της όνομα («Δημοκρατία της Μακεδονίας») στις αρχές του 1992 και έκτοτε οργανώνεται ένα μεγάλο κύμα διαδηλώσεων στην Ελλάδα.
Εκατοντάδες χιλιάδες άτομα συμμετέχουν στο Παμμακεδονικό Συλλαλητήριο της Θεσσαλονίκης για το ζήτημα της ονομασίας της αυτοαποκαλούμενης «Δημοκρατίας της Μακεδονίας».
Η περίοδος εκείνη είναι ιδιαίτερα πυκνή σε πολιτικό χρόνο και ταραγμένη.
Στις αρχές του 1992 συγκαλείται η πρώτη σύσκεψη των πολιτικών αρχηγών υπό τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας Κωνσταντίνο Καραμανλή για το θέμα των Σκοπίων. Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης ως πρωθυπουργός, ο Ανδρέας Παπανδρέου, η Αλέκα Παπαρήγα και η Μαρία Δαμανάκη, παρουσία του Υπουργού Εξωτερικών Αντώνη Σαμαρά, συμφωνούν για κοινή γραμμή πλεύσης, σε μια ονομασία που δεν θα περιέχει τη λέξη «Μακεδονία» ή παράγωγά της.
GFD
Ωστόσο η πορτογαλική προεδρία της Ευρωπαϊκής Ένωσης, δια του υπουργού Εξωτερικών Ζοζέ Πινέιρο, προτείνει συμβιβασμό με αποδοχή από την πλευρά της Ελλάδος μιας σύνθετης ονομασίας για το κράτος των Σκοπίων, με επικρατέστερη ονομασία «Νοβοματσεντόνια» («Νέα Μακεδονία»). Πρόκειται για το λεγόμενο «Πακέτο Πινέιρο», που τότε προκάλεσε διάσταση στις σχέσεις του πρωθυπουργού Κωνσταντίνου Μητσοτάκη και του υπουργού Εξωτερικών Αντώνη Σαμαρά.
Στις 13 Απριλίου 1992 συγκλήθηκε το συμβούλιο των πολιτικών αρχηγών για το ζήτημα της ονομασίας της πΓΔΜ υπό τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας Κωνσταντίνο Καραμανλή χωρίς την παρουσία της γ.γ. του ΚΚΕ, Αλέκας Παπαρήγα. Αποφασίζεται να απορριφθεί το «πακέτο Πινέιρο» και η Ελλάδα να αναγνωρίσει το ανεξάρτητο κράτος των Σκοπίων μόνο αν τηρηθούν οι όροι της ΕΟΚ που συμφωνήθηκαν στις 16 Δεκεμβρίου 1991 και αν η ονομασία δεν περιλαμβάνει τη λέξη Μακεδονία ή παράγωγά της.
Κατά τη διάρκεια της συνέντευξης τύπου ο Πρωθυπουργός Κωνσταντίνος Μητσοτάκης ανακοίνωσε την αποπομπή του Αντώνη Σαμαρά από την κυβέρνηση και ακολούθως ανέλαβε ο ίδιος το Υπουργείο Εξωτερικών, καθώς ο υπουργός είχε προηγουμένως διαφοροποιηθεί από την κυβερνητική γραμμή παρουσιάζοντας στη σύσκεψη σημείωμα με επτά σημεία δράσης, τα οποία προκάλεσαν την αντίδραση του Προέδρου της Δημοκρατίας και του Πρωθυπουργού.
Στο διάστημα από το 1992 έως το τέλος της κυβέρνησης Μητσοτάκη ο Αντώνης Σαμαράς διατήρησε τις απόψεις του επί της εξωτερικής πολιτικής. Τον Οκτώβριο του ίδιου έτους παραιτήθηκε από τη βουλευτική του έδρα και αποχώρησε από τη Νέα Δημοκρατία.
Μάλιστα για το Σκοπιανό ήταν μία από τις ελάχιστες περιπτώσεις που ο αείμνηστος Κωνσταντίνος Καραμανλής δάκρυσε.
Το 1993, κατόπιν της σύστασης του Συμβουλίου Ασφαλείας, η Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας έγινε δεκτή, με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης, στα Ηνωμένα Έθνη με αυτήν την προσωρινή ονομασία έως ότου εξευρεθεί μια συμφωνημένη λύση.
Είναι τότε που ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης δηλώνει ότι το όνομα που θα λάβει η ΠΓΔΜ δεν έχει μεγάλη σημασία, γιατί κανείς δεν θα το θυμάται σε 10 χρόνια…
Από τότε με πρώτη την Κίνα, όλες σχεδόν οι μεγάλες χώρες, ΗΠΑ, Ρωσία, Γερμανία αναγνωρίζουν ως «Δημοκρατία της Μακεδονίας» τα Σκόπια.
Το 1995, η Ελλάδα και η Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας συνομολόγησαν μια Ενδιάμεση Συμφωνία, η οποία επέβαλε έναν δεσμευτικό «κώδικα συμπεριφοράς». Επί τη βάσει της Ενδιάμεσης Συμφωνίας τα δύο μέρη άρχισαν διαπραγματεύσεις υπό την αιγίδα των Ηνωμένων Εθνών, οι οποίες συνεχίζονται μέχρι σήμερα.
Κατά το χρονικό διάστημα που έχει παρέλθει από την υπογραφή της Ενδιάμεσης Συμφωνίας, η Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας παραβιάζει συστηματικά το γράμμα και το πνεύμα της Συμφωνίας και, βεβαίως, τις υποχρεώσεις της που πηγάζουν από αυτήν προβάλλοντας μεγαλοϊδεατικές εδαφικές βλέψεις κατά της Ελλάδας, μέσω της απεικόνισης σε χάρτες, σχολικά εγχειρίδια, βιβλία ιστορίας κλπ. ελληνικών εδαφών στην εδαφική επικράτεια μιας «μεγάλης» Πρώην Γιουγκοσλαβικής Δημοκρατίας της Μακεδονίας χρησιμοποιώντας την ονομασία «Δημοκρατία της Μακεδονίας» στους διεθνείς οργανισμούς, συμπεριλαμβανομένων και των Ηνωμένων Εθνών, στους οποίους έχει προσχωρήσει υπό την προϋπόθεση να χρησιμοποιεί την προσωρινή ονομασία Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας, κατά παράβαση της σχετικής δεσμεύσεως που προβλέπει το άρθρο 11.1 (ακόμα και από το βήμα της 62ης Γενικής Συνέλευσης των Ηνωμένων Εθνών, ο τότε Πρόεδρος της Πρώην Γιουγκοσλαβικής Δημοκρατίας της Μακεδονίας, Branko Crvenkovski, είχε δηλώσει ότι «το όνομα της χώρας μου είναι και θα είναι Δημοκρατία της Μακεδονίας»).
Το «βέτο» του 2008 από τον Κώστα Καραμανλή
Στις 3 Απριλίου η Ελλάδα ασκεί βέτο στην ένταξη των Σκοπίων στο ΝΑΤΟ, κατά την Εαρινή Σύνοδο της Συμμαχίας στο Βουκουρέστι.
Ο κ. Κώστας Καραμανλής ξεκαθάρισε ότι δεν επρόκειτο να δεχθεί την παραμικρή κουβέντα για το θέμα των Σκοπίων σ’ εκείνη τη Σύνοδο Κορυφής του ΝΑΤΟ στο Βουκουρέστι.
Στο πλαίσιο αυτό, κατά τη Διάσκεψη Κορυφής του ΝΑΤΟ στο Βουκουρέστι τον Απρίλιο του 2008 τα μέλη της Συμμαχίας αποφάσισαν με συλλογική και ομόφωνη απόφαση ότι θα απευθυνθεί πρόσκληση στην πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας για ένταξή της εφόσον λυθεί το ζήτημα του ονόματος, κατά τρόπο αμοιβαίως αποδεκτό. Η απόφαση αυτή επιβεβαιώθηκε και επαναλήφθηκε σε όλες τις μεταγενέστερες Συνόδους Κορυφής της Συμμαχίας στο Στρασβούργο (2009), στη Λισσαβώνα (2010) και στο Σικάγο (2012). Η Σύνοδος Κορυφής της Ουαλίας (2014) δεν είχε διευρυνσιακή χροιά.
Η πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας προσέφυγε στο Διεθνές Δικαστήριο της Χάγης κατά της Ελλάδας την 17η Νοεμβρίου 2008, ισχυριζόμενη ότι η χώρα μας πρόβαλε αντίρρηση στην ένταξη της πρώην Γιουγκοσλαβικής Δημοκρατίας της Μακεδονίας στο ΝΑΤΟ κατά τη Σύνοδο Κορυφής της Συμμαχίας στο Βουκουρέστι τον Απρίλιο του 2008.
Το Διεθνές Δικαστήριο της Χάγης στην υπόθεση αυτή δεν υπεισήλθε στην ουσία της ονοματολογικής διαφοράς, σημειώνοντας ότι δεν έχει τη σχετική δικαιοδοσία και ότι η διαφορά πρέπει να επιλυθεί στο πλαίσιο που ορίζουν οι Αποφάσεις του Συμβουλίου Ασφαλείας, μέσω διαπραγματεύσεων υπό την αιγίδα του ΟΗΕ. Κάλεσε, επίσης, τα δύο μέρη να εμπλακούν σε ουσιαστικές διαπραγματεύσεις υπό την αιγίδα των Ηνωμένων Εθνών.