Ο Άγιος παρέδωσε ειρηνικά την ψυχή του στον Κύριο στις 12 Δεκεμβρίου 348, σε ηλικία 78 ετών. Αυτή την ημέρα η Εκκλησία μας εορτάζει τη μνήμη του. Το σκήνωμά του παρέμεινε άφθαρτο, πλην της δεξιάς χειρός του. Μέχρι τον 7ο αιώνα παρέμεινε στην Κύπρο. Κατόπιν, μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη.
Ο Ρώσος περιηγητής Αντώνιος Novgorod, ο οποίος έγραψε περί το 1200, αναφέρει ότι είδε το λείψανο του Αγίου Σπυρίδωνος στη μονή της Υ.Θ. Οδηγητρίας. Πρόκειται περί της γυναικείας μονής «τῆς Θεοτόκου τῆς Κεχαριτωμένης». Αργότερα μεταφέρθηκε στο ναό των Αγίων Αποστόλων. Πρώτη σχετική μαρτυρία έχουμε του Στεφάνου Novgorod περί το 1350. Τέλος, την ημέρα της μνήμης του Αγίου Σπυρίδωνος, στις 12 Δεκεμβρίου του έτους 1452, λίγους μήνες πριν την Άλωση, τελέσθηκε στο ναό της του Θεού Σοφίας πανηγυρική Θεία Λειτουργία, για την ένωση των Εκκλησιών, προεξάρχοντος του παπικού Λεγάτου, του λατινοφρονήσαντος στη Φλωρεντία, Αρχιεπισκόπου Κιέβου καρδιναλίου Ισιδώρου. Κατά την τελετή «το λείψανον του Αγίου Σπυρίδωνος, του οποίου εωρτάζετο η μνήμη, περιήγετο εν πομπή» (Α. Κύρου, Βησσαρίων ο Έλλην, τ. Β΄, Αθήναι 1947, σ. 13).
Το 1453 αμέσως μετά την Άλωση της Κωνσταντινουπόλεως μεταφέρθηκε μαζί με το Ιερό λείψανο της Αγίας Θεοδώρας της Αυγούστας, από τον ιερέα Γεώργιο Καλοχαιρέτη, μέσω Θράκης, Μακεδονίας και Ηπείρου καταλήγοντας στην Κέρκυρα το έτος 1456.
Στην Κέρκυρα αρχικώς τα λείψανα τοποθετήθηκαν στο ναό του Αγίου Αθανασίου. Τα παιδιά του Γεωργίου Καλοχαιρέτη Μάρκος, Λουκάς και Φίλιππος κληρονόμησαν τα λείψανα. Ο Μάρκος δώρισε το μερίδιό του, δηλ. το λείψανο της Αγίας Θεοδώρας της Αυγούστας, το 1483 στη κερκυραϊκή κοινότητα. Το λείψανο του Αγίου Σπυρίδωνος έλαβαν ο Λουκάς και ο Φίλιππος. Επιθυμία των δύο κληρονόμων ήταν να το μεταφέρουν από την Κέρκυρα, αλλά οι επίμονες αντιδράσεις των Κερκυραίων ανέκοψαν τα σχέδιά τους. Τούτοι μεταβίβασαν τα δικαιώματά τους στην θυγατέρα του Φιλίππου Ασημίνα. Αυτή, όταν το 1520 παντρεύτηκε τον Σταματέλλο Βούλγαρη, πρόσφερε σ’ αυτόν ως προίκα το ιερό λείψανο. Έκτοτε έως το 1925 ανήκε στην κυριότητα της οικογένειας Βούλγαρη.
Το λείψανο του Αγίου Σπυρίδωνος μεταφέρθηκε για λίγο χρονικό διάστημα στον καθεδρικό ναό του Ταξιάρχου Μιχαήλ στο Καμπιέλο. Το έτος 1528 ο Σταματέλλος Βούλγαρης έκτισε ναό του Αγίου στο Προάστιο του Αγίου Ρόκου και το λείψανο μεταφέρθηκε εκεί. Κατά την πρώτη πολιορκία της Κέρκυρας από τους Τούρκους το 1537 μεταφέρθηκε προσωρινά στο ναό των Αγίων Αναργύρων στο Παλαιό Φρούριο. Μετά την πολιορκία επανήλθε στο ναό του. Το έτος 1577 λόγω οχυρωματικών έργων αποφασίστηκε η κατεδάφιση του ναού. Τότε το λείψανο του Αγίου Σπυρίδωνος μεταφέρθηκε προσωρινά στο ναό του Αγίου Νικολάου των Ξένων στη Γαρίτσα. Το 1589 πραγματοποιήθηκαν τα εγκαίνια του σημερινού ναού, ο οποίος ολοκληρώθηκε πιθανώς το 1594. Από τότε το λείψανο του Αγίου Σπυρίδωνος μεταφέρθηκε εκεί και παραμένει μέχρι σήμερα.
Το έτος 1967 δια Προεδρικού Διατάγματος ο ιερός ναός του Αγίου Σπυρίδωνος πόλεως Κερκύρας αναγνωρίστηκε επισήμως ως ίδιον Ν.Π.Δ.Δ., υπό την επωνυμία «Ιερόν Προσκύνημα Αγίου Σπυρίδωνος Κερκύρας».